家系図 再

• 記号案内

library(kinship2)
# 全員に通し番号
id <- 1:15
# 性別。１：男、２：女、３：不明、４：中絶
sex <- c(1,2,2,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2,3,4)
# 名前を付ける
lab <- id
lab[which(sex==1)] <- paste(lab[which(sex==1)],"郎",sep="")
lab[which(sex==2)] <- paste(lab[which(sex==2)],"子",sep="")
# 形質の種類数
num.phenotype <- 3
affected <- matrix(sample(0:1,length(id)*num.phenotype,replace=TRUE),ncol=num.phenotype)
# 生死状況
status <- sample(0:1,length(id),replace=TRUE)
# 特別な関係を表す。１：１卵性双生児、２：２卵性双生児、３：卵性不明な双生児、ただし、三つ子は、３人が作る３ペアを全部双生児扱いで記入すればよい(一部省略してもOK) 、４：夫婦関係(子がいれば自動的に結ばれるがそうでないと結ばれないから)
relation <- matrix(c(6,7,2,6,8,2,7,8,2,9,10,1,11,12,3,6,13,4),ncol=3,byrow=TRUE)# 父親、母親を指定。父・母不明は0で指定するのがデフォルト
dadid <- c(0,0,1,1,0,4,4,4,4,4,4,4,0,6,6)
momid <- c(0,0,2,2,0,5,5,5,5,5,5,5,0,13,13)
# 以上の情報をオブジェクトにまとめる
my.ped <- pedigree(id,dadid,momid,sex,affected,status,relation)

# サンプルの入手状況を色分けで指定する
avail <- sample(1:2,length(id),replace=TRUE)
# 個人名ラベルを指定する、○・□のサイズをcexで指定
plot(my.ped,id=lab,col=avail,cex=2)