Mantel の検索結果:

ちょっといろいろ調べてみる

…h Cochran-Mantel-Haenszel test 1 plink.cmh2 --mh2 Cochran-Mantel-Haenszel test 2 plink.cnv.indiv --cnv-list Copy number variant per individual summary plink.cnv.overlap --cnv-list Copy number variant overlap plink.cnv.summary --cnv-list Cop…

量的疾患の解析手法のメモ

…ト(Cochran-Mantel-Haenszel) パワー計算:Genetic Power Calculator Familial sampleでバリデーション PLINKのQFAM 核家族にばらしてFBAT Imputationについてはbest-guessのジェノタイプを使用 メタするときは、sample-size weighted (ただし、effective sample sizeを用いる。Effective sample sizeとは、素のサンプルサイズをGCラム…

メタアナリシス

…ィにつき、効果の強さが同一であるとする仮定をするのがfixed effects model、スタディ間では効果の強さが異なる(こともある)ことを仮定するのがrandom effects model 手法としては Fixed effects model Mantel-Haenszel method Peto method General variance-based method Random effects model DerSimonian-Laird method R記事

多重検定を重層的に繰り返したとき(6)Mantel-Haenszelは自由度=層数のカイ自乗統計量の1次元投影量である

…る。大小関係が見て取れる)。 また、こちらの図は、縦軸に、横軸にをとり、の値で等高線プロットをしたものである。が等しいテーブルには、同一の値が対応していることがわかる。このように、2次元の図であるが、1次元への写像としての性質を持つことから、Mantel-Haenszelの統計量は自由度1でp値を得ることができる。 同様にをプロットしたのが、こちらの図であり、こちらは、2次元の分布を撮っていることがわかる。 これらの具合を試してみるために雑に作ったエクセルは、こちらとこちら。

多重検定を重層的に繰り返したとき(5)

…用されるべきである。Mantel-Haenszelとで、との間にはどんな関係があるのだろうか。 第1セットと第2セットで全く同一の対立仮説が最尤となるようなとき、Mantel-Haenszelは、よりも小さなp値を返す。 両法は、ともに、補正後p値が0−1均一分布することから、どこかで、小さめのp値を返しているということは、それ以外の場合に大きめのp値を返していることとなる。したがって、2セットのおのおのから最尤推定される対立仮説の差が大きいときには、Mantel-Haens…

多重検定を重層的に繰り返したとき(4)

…統合するにあたって、Mantel-Haenszelがある(関連記事はこちら)。いくつかの区別できるサブグループに分けられるときなどに用いるし、メタアナリシス(関連記事はこちら)に用いることもある。 基本的なところに戻って、「どうして、複数のテスト(セット)を統合するときに何かの工夫(Mantel-Haenszelとか)をしないといけないのか」というと、個別のデータを単純に足し合わせて、一つのテストを行ったり、個別のデータから出てきた統計量を加減乗除したりすると、その結果として…

複数の分割表検定を併せる

…x2分割表データからMantel-Haenszel カイ自乗値、そのP値、OR比とその95%信頼区間を算出するエクセルはこちら Mantel-Haenszelメタアナリシスの適用例はこちら このエクセルファイルの元にしたMantel-Haenszelの参考サイトはこちら K個のテーブル(k=1,2,...,K)があるとする。その2x2分割表のセルの値をと表し、その周辺度数をと表すこととする。同様に、K個のテーブルについての和はと表すこととする ※ Bの(N-1)はカイ自乗検定…

3 個別マーカー関連検定(パーミュテーションテストを除く補正を含む)

…定 Cochran-Mantel-Haenszel test Breslow-Day test 複数ローカスについての検定 Hotteling’s T2 multilocus association test Set-based tests Regionごとに最大関連マーカーを用い、それについて、多regionsに渡ってパーミュテーション補正する Quantitative trait 形質が実数であれば、Quantitative traitとして関連解析する GxE(Gene…

メタアナリシス

…aパッケージを使ってMantel-Haenszel法の実行とその結果とplotを得る関数 dormeta<-function(file){ library(rmeta); outobj<-read.table(file,header=TRUE); outobjMH<-meta.MH(n.case,n.ctrl,sus.case,sus.ctrl,data=outobj,names=study);plot(outobjMH); return (outobjMH); } パッケー…