ぱらぱらめくる『Nature Reviews Genetics』2019
- 毎年やっている、年末の『パラパラめくるNature Reviews Genetics』
- 今年もやってみましょう
- 年を経るごとに、細かいことは、ま、いいか、と、雑になっていますが、頑張って参ります
- 全体の印象としては:
- 昨年までなどは、「現象」に関する総説が多かったように思いますが、今年は「将来を志向した概念」に関する記事がめだったように思います。
- 短文紹介した記事はどれも面白いと思います。それ以外にも面白いものがありましたが、「医学」「データ解析」系に興味が強いので、志向方向が近い方は取り上げたものをめくってみると楽しいのでは、と思います。
- 2019 Dec
- 2019Nov
- 2019Oct
- ゲノム上にある遺伝子とその制御構造の1次元構造位置と核内3次元構造の知見が増えてきており、3次元構造が遺伝子の協調制御に大事だろうと思わされるが、あえてそれを改変してやっても、細胞は機能を維持するらしいという話。たまたま見えているゲノムパーツの3次元構造と、必要に迫られて形成される3次元構造。ニワトリと卵の話は、技術が進んでもなかなかゴールに達しないようです
- 2019Sep
- 生命現象の本質は、離散的な要素(細胞しかり、個人しかり)って、それぞれが活動しその総体として表現型を形成するという仕組み。そのように考えたとき、個々の要素のばらつきとその確率的振る舞いは、本質的な意味を持つ。そんな側面に関するお話
- 2019August (ピックアップ文章なし)
- 2019July
- 2019June
- Clinical metagenomicsは「個人が生まれながらに持っているDNAセット」とは別だが、個々人がもれなく持っている膨大な影響を与える遺伝子群についての臨床応用の話。疫学で環境要因とみなしていたもののどれくらいが、メタゲノム的には環境要因扱いとなり、遺伝形式不明かつあやふや度の強い遺伝要因扱いとなっていくのかは(リンク先ペイパーとは別の意味で)興味深いです
- 2019May
- 2019April
- 2019March
- スプライスバリアントは(同一の)遺伝子が発揮する分子多様性の初期段階要素。それについてAIを使って、どんなバリエーションが出るかという検討の話
- 男女差。ポリティカリーには「男女平等」だけれど、遺伝学的には、かなり峻別度が高い(完全に峻別はできないけれど)情報であることは確か。その男女差に着目して様々な点から現在の(分子レベルの)遺伝的現象を概説
- 2019Feb (ピックアップ文章なし)
- 2019Jan
歩幅1の酔歩
- d次元空間を原点から出発して、歩幅を1に固定して歩き回ることにする
- k歩目での原点からの距離の期待値はいくつになるかをシミュレーションで計算してみる
- に収束するらしい
ガウシアンカーネル、カーネル・トリック
- カーネルトリックというのがある
- カーネル関数を使って、データの次元を上げてやり、上げた次元で簡単な処理(線形処理)をした結果を返すことで、データのオリジナルな次元空間での非線形な出力を得るような時に使うのだが、トリックなのは、上げた次元での計算をせず、オリジナルの座標のみで計算して高次元処理の果実を取る、という部分
- 簡単で次元の上げ幅が小さいカーネル関数としては、データの次元が2次元(x1,x2)の時に、(x1,x2,x3=x1*x2)という3次元にあげるものがある
- また、次元の上げ幅は大きいが、簡単なカーネル関数として、ガウシアン・カーネルがある。ガウシアン・カーネルでは、オリジナルなデータ空間の「全ての点」に対して、カーネル関数を使うことで、「全ての点の次元=無限次元」にする
- ガウシアン・カーネルは正規分布の形をした関数だが、これを有限個のデータ点に適用するということは、ガウシアン・カーネルを使ったノンパラメトリック・分布推定をしているのと同じこと
- ガウシアン・カーネルを使って無限次元空間に上げる、ということは、「滑らかな分布関数を推定する」ということ
- 単なる分布推定だが、カーネル埋め込みの用語で言えば、その滑らかな関数が「無限の点に対応する値」を持つので、その無限の点のそれぞれを次元とした、無限次元空間を考えると、埋め込まれた先がヒルベルト空間の点になる、と説明される。このヒルベルト空間が再生核ヒルベルト空間
- 実際、ガウシアン・カーネルによって再生核ヒルベルト空間上の点に対応させたとき、それは滑らかな分布関数だから、オリジナルの標本が示す、オリジナルな分布のモーメントの情報を持っている
- カーネル関数の返り値は「密度関数」なので、密度の重みをつけてモーメント計算すること
- 以下はそれを(自明な)1次元分布でやってみたもの