2005-10-18から1日間の記事一覧

Metropolis-Hastingsアルゴリズム

マルコフ連鎖を用いて、世代を順次進めていくときに、次世代のパラメタの値を得るためには、次世代のパラメタ値をある分布(関数)(サンプラと呼ぶ)から作り出し、その作られた値を次世代のパラメタの値として妥当かどうかを判断する、という手続きを踏むと未…

2分岐木ARGのMCMC構築

Zollner et al(2005)の例 推定過程は着目点をはさんで左右両側で行う 変数 Neutral coalecent and recombination モデルを規定する変数 組換え率 変異率 これら2つの率はARG構築過程で不明な変数である ある位置におけるARGは2分岐木である(親ハプロタイプ…

ARG上の責任ローカスの位置の事前確率・事後確率

Zollner et al(2005)の例 前提 ある領域に多型マーカーが存在し、あるフェノタイプの責任ローカスを特定しようとしている その多型マーカーの位置情報が得られている この領域のマッピングをするにあたって、個人がおり、そのフェノタイプ情報が得られている…