2005-11-02から1日間の記事一覧

PSIC

ペプチド上のあるアミノ酸の保存のよさを算出するときに、収集可能な類似配列を集め、それらに重み付けをしないで用いると、収集ペプチド配列のバイアス(研究の進んでいる配列とその関連配列群は多く収集され、そうでない配列は登録さえされていないので集ま…

SIFT

SIFT:Sorts Intolerant From Tolerant amino acid substitutions 1アミノ酸置換が及ぼすペプチド機能への影響を予測し、指標化したもの。類似ペプチド配列を集め、それをアラインメントした後、当該ペプチド配列中の当該アミノ酸置換が、アラインメントされ…

Ka/Ks ratio

分子進化を考慮するにあたり、ある分子をコードしている遺伝子のコーディング領域に存在する変異・多型について、次の値を算出することで、その遺伝子のペプチド配列の保存性のよさ・ペプチド配列の保存の重要性の指標とする。 synonimous amino acid substi…