清書版 Fixation indexとの計算・検証のためのエクセルファイルはこちら(作成：京都大学医学研究科附属ゲノム医学センター、協力：理化学研究所遺伝子多型研究センター関節リウマチ関連遺伝子研究チーム、使用にあたっては、こちらに準ずる) Population subd…

ANOVA(ANalysis Of VAriance) (分散分析) 基本的な統計手法の一つであり、そのすべてをここで説明することは不適切であるが、簡潔に述べると次の通り 複数(３以上)の母集団を比較し、その平均値が等しいという仮定を検定するのがANOVA(analysis of variance…

の３つからなる統計量である。 亜集団間の関係を表しているのは、そのうちのになる。以下ではを中心に述べる。 HWE検定(関連記事はこちら)、Fixation index(関連記事はこちら)では、ある集団の内部構造を検討していた。そこに存在する全個体のアレルの分布に…

次の仮説に基づく、Fixationの指標(subdivisionの指標とも言える) ランダムメイティング集団ではHWEが成り立っている。Subdivisionが起きると、Subdivided亜集団内ではHWEが成り立つが、遺伝的浮動のため、亜集団のアレル頻度に差が生じる。極端な場合には、…

本来はPopulation subdivisionの検定ではないが、SNP解析出身者にはもっとも理解が容易な指標なので、はじめに説明する HWE検定でHWEが棄却された場合には、Heterozygosityの過少の場合には、subdivisionの存在がその理由である可能性がある(が、そうと断定…