質問の状況 hoge.ped, hoge.infoファイルを読み込ませている LDがブロックになっておらず、ハプロタイプの推定がされない 個々のSNP自体はまともなコールであり、あしきりされていない 対策 infoファイルで与えたSNP間距離が遠すぎませんか？ ブロック内とみ…