依存パッケージ # packages # 依存パッケージ library(kinship) # 家系図を描く library(MCMCpack) # １倍体場合分けのみなら不要かも library(gtools) # 場合分け １倍体場合分けのみなら不要かも library(sets) # 集合 library(paramlink) # 連鎖解析 核家…

概要 ハプロタイプグラフ 家系図(２倍体の伝達関係）から１倍体の伝達の様子（ハプロタイプグラフ）を作る 家系図はすべての個人がつながっているが、ハプロタイプグラフはつながっていない 母方と父方のグラフに分かれる 「子はかすがい」 「子が産まれると…

ある集団のジェノタイプ頻度情報が与えられている その集団において、ジェノタイプ情報つきの家系がどのくらいの頻度で存在しているかを計算する 独立した座位は座位ごとに計算して、積をとる 家系内には「集団から直接生まれた子」がいる 家系内の「集団か…

地道な方法は計算が終わらない 地道に計算しないで、同じ値を算出したい やり方１ 地道なやり方では、すべての個人がすべてのジェノタイプを取りうるというところからスタートした 家系情報とジェノタイプが与えられると、ジェノタイプが確定している人は、…

家系全体を集団の子、とする 集団がある 家系図があって、その家系図上の人物のDNA情報がある 今、DNAがあって、それが家系図上のある人物のそれである(仮説1)かもしれないし、そうでなく、家系と無関係の人物のそれである(仮説2)かもしれない 仮説2は、DNA…

法数学勉強会(こちら)のネタ 目次 DNA鑑定の仮説について 地道な計算方法 確率計算。そのアプローチ、２つの比較 ２倍体を単位として計算量を減らすアプローチ １倍体を単位として計算量を減らすアプローチ １倍体で場合分け ソース ベータ版