帰無仮説 帰無仮説下でのデータをモンテカルロシミュレーションする 関数に処理させる 返り値(統計量・ｐ値)の分布を確認 対立仮説 対立仮説下でのデータをモンテカルロシミュレーションする 関数に処理させる 返り値(統計量・ｐ値)の分布を確認 Rでモンテカ…

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パッケージ一覧(日本語サイト) CRAN(本家)で検索するなら 名前から(英単語がわかっていれば、『それらしい名前』のパッケージにあたりをつけることも)→左側の"Packages"をクリックして、"Table of available packages, sorted by name"へ やりたい作業の分類…

原書・原著論文を調べて、対応する英単語を見つける 解析の仕方が同じ先行研究があるなら、これが一番 日本語の統計用語から英語を見つける場合 Wikipediaならば、日本語の記事の左側に、各国語の記事へのリンクがあるので、そのリンクを使う t検定の日本語…

『言葉は力』 どこかで耳にした単語・目にした単語があるはず。それをたよりに探し始める そのためには、「ぱっと」見て、自分の捜し物に「近いか遠いか」の判断が素早くできる情報ソースを持つことが大事 たとえば、「用語の一覧に目を通す(ア・カ・サ…を開…

やりたいことを一言で言うと ○○であると言いたい ○○であるとは信じがたいと言いたい ○○の値は××であると言いたい ○○の値は××から××であるだろうと言いたい ○と×とを比べたら、○の方がもっともらしいと言いたい 何が言えるかわからないけれど、何か言えること…

確率分布(Wiki) 確率的に「値」をとって、「すべての可能な値」について「確率」を足し合わせると１になる 確率分布のリスト(Wiki) 確率分布を作ってみる 確率分布のチェックポイント 確率分布の色々 そもそも、どうして確率分布があるのか・気になるのか？ …

Rを電卓として使う 『どうして自分は「電卓」を使えるのか』と考える 検算ができる処理は「使える」 検算の仕方 「答」を２通りで出してみて、一致を確認する() 複数の答の一致をcoplot()で見る 値の系列を見る() Rをエクセルの代わりとして使う エクセルは…

超初心者から コンピュータを使うとき ファイルとディレクトリ→こちらやこちら ファイルの名前と拡張子→こちら 「隠さずに表示させる」→こちら(名前の一部を表示させるやこちら(隠しファイルの表示) 「送るフォルダ」を使って便利に→こちら コンピュータを管…

行列は、行と列とが作る「四角形」として意味がある 行列は統計学の基本ツール 本気でやらないなら 『線形独立』と『行列式』 『正方行列で座標軸の変換』 『固有値分解は、正方行列による「拡大縮小」と「回転」の組み合わせ』 k<-4 M<-matrix(rnorm(k^2),k…

「束」として扱うときの扱い方、２通り 「１束」ごとに、「束」を処理する 「束」同士をペアワイズで処理する

Rが使えて、遺伝学もわかって、バイオインフォマティクス的に大量データハンドリングができて…も、 統計がわかるためには、やはり越えるべきハードルがある 確率と分布、と ベクトルと行列 いつか、どこかで、この２本立てに納得のいく時間をかけることは、…

分布の色々 分布の色々について(こちらも)

行列型のデータを作ってみる n1<-2 n2<-3 # 要素数はn1 x n2 elem<-1:(n1*n2) elem M<-matrix(elem,nrow=n1,ncol=n2) M 行列の扱い、２種 行列を「行の束」「列の束」として扱う 行列を「長方形」として扱う 行列データを図示する 発展 ベクトル→行列→アレイ

確率分布を定めるもの・確率分布が定めるもの(Wikiの確率分布のテーブルの項目を見てみる) 指数分布を例に(Wiki) 定義域 パラメタ(母数) 確率密度関数・累積分布関数→こちら 期待値・中央値・最頻値・分散・さらに高次のモーメント モーメント母関数(積率母…

一番知りたいのは？ 値の順序に意味がないなら：「分布」 値の順序に意味があるなら：「横軸に意味を持たせた」「グラフ」 値の順序に意味がないなら：「分布」 hist(v1) これは度数分布 度数分布が教えてくれることは？ 分布を『見る』ための他の方法は？ p…

個別に処理してもよいけれど、複数の値に一括して同じ処理をしたいなら、そのように 同じ値 を加える を引く を掛ける で割る 他には？ これを利用して関数をプロットしてみよう # 小刻みな等間隔値 x<-seq(from=0,to=10,length=1000) y1<-x+2 plot(x,y1) y2…

ベクトルを作る v1<-c(3,5,7,4,5) 使えるための条件 （１）やりたいことがなんなのか、わかっている （２）そのやり方がわかっている 条件（１）・（２）を満足している「機能」(ただし、「ベクトル」が対象)は何ですか？ 複数の数値が「束」になっている 複…

エクセルは「スプレッドシート」 行があって、列がある データの処理は、「行に関して」行ったり、「列に関して」行ったりする 「行(または列)に関して行う」とは、「複数の値の並び」を対象にして処理をすること Rで「複数の値の並び」を「ベクトル」と言う…

使えるための条件 （１）やりたいことがなんなのか、わかっている （２）そのやり方がわかっている 「電卓〜関数電卓〜データ処理アプリケーション(Rを含む)」が『うまく使えない』と感じたら、次の３つの場合のどれですか？ 場合１：条件（１）が満足されて…

今年度の医学研究科大学院生用の統計遺伝学集中講義は「Rを使ってみよう」 遺伝についてのことは、今年度は気にしないことにする(来年度・再来年度は気にする(こちら)) 目次 第１章 Rを使う準備 第２章 Rを電卓・エクセルの代わりとして使う 第３章 Rは行列…

離散的で均一な生起確率を持つ確率密度分布 確率変数は、k個の異なる値をとることがあり、それ以外の値は取ることがない k<-sample(1:100,1) vs<-sample(1:100,k) ps<-rep(1/k,k) plot(vs,ps,type="h") plot(sort(vs),cumsum(ps[order(vs)]),type="l",xlim=c…

確率分布は、 確率変数があって 定義域に確率があって、それを足し合わせる(積分する)と1になるようなもの 多くの確率分布は、１-数個のパラメタ(母数)があって 母数が決まれば、あとは「ルール(関数だったりする)」があって、「確率」が決まる したがって、…

検定方法のメニューを作って、羅列しても、自分の用にならなければ意味がない 宿題として用意した「やりたい検定」「理解したい検定」について、以下を実行する 以下に挙げたプロセスができるようになることが目標 （０）やりたいことがわからない 使えない→…

行ベクトルのペアの内積を計算する N1<-4 N2<-3 M<-matrix(runif(N1*N2),N1,N2) # 各行を単位ベクトルにする # まず長さを計算する L<-sqrt(apply(M^2,1,sum)) # 各行を各行ベクトルの長さで割って単位ベクトルにする M2<-M/L M2 # 単位ベクトルであることの…

行列は行がいくつもある １行は数値のベクトル １行ずつの処理はベクトルの処理 複数の行に同じベクトル処理をしたいとしたらどうするか M[1,] M[2,] sum(M[1,]) sum(M[2,]) apply(M,1,sum) 行列は列がいくつもある １列は数値のベクトル １列ずつの処理はベ…

ベクトル、 ベクトルの「長さ」、２ベクトルの内積・外積 内積 k<-3 X<-runif(k) Y<-runif(k) sum(X*Y) 成す角 sum(X*Y)/sqrt(sum(X^2)*sum(Y^2)) ベクトルの「長さ」 sqrt(sum(X^2)) 外積 outer(X,Y,"*")

使えるための条件 （０）やりたいことがわからない 使えない→やりたいことを確認しよう （１）やりたいことがなんなのか、わかっている （１）-a やりたいことがわかっているが、それを表す「用語」がわからない 「用語」を探す やりたいことに関係する特異…

インターネットへの接続を前提として講義をするとする ブログ上に骨格を書いて、適宜リンクを張っておいて講義スライドとしてしまおう preziもよいけれど、ブログの方が慣れているから

図示関数のいくつかをexample()関数に順番に渡して、表示例を眺めてみよう 図示関数のリストは、こちらのRマニュアルを参考にしました(素晴らしいマニュアルですので、そちらを使ってRを覚えるのもおすすめです) example(plot)#総称的関数で、渡すオブジェク…