2012-01-18から1日間の記事一覧

アノテーションをBioconductorで

リンク リソース Built-ins GO KEGG vendor other annotations Access to NCBI Biomart UCSC others

配列データをBioconductorで

リンク 対応する配列データタイプ Fasta Fastq BAM gff bed wig others 処理 Trimming Transformation Alignment Domain-specific analyses quality assessment ChIP-seq Differential expression RNA-seq others

ハイ・スループットアッセイをBioconductorで

リンク さまざまな実験系 フローサイトメトリー Quantitative real-time PCR Mass spectrometry Proteomics Other cell-based data

マイクロアレイをBioconductorで

リンク マイクロアレイ発現解析のプラットフォーム Affymetrics Illumina Nimblegen Agilent Others フロー データの読み込み Pre-processing 補正 解析 表示 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite() source("http://bioconductor.org/bio…

RのBioconductor

Bioconductorの紹介記事(こちら Bioconductorのホームページ(こちら) Bioconductorの概説 Fred Hutchinson Cancer Research Centerをベースに開発されたRを用いたオープンソース もともとはマイクロアレイ発現データ解析からスタート(したはず) 解析・視覚化…