2013-01-08から1日間の記事一覧

分割表を代数統計する

2x2表をSingular でやってみよう x+y=p1,z+w=p2,x+z=q1,y+w=q2とする(p1,p2,q1,q2が周辺度数) ring p = 0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring x = 0,(x,y,z,w),lp; setring p; map f = x,p1*q1,p1*q2,p2*q1,p2*q2; ideal i0 = 0; setring x; preimage(p,f,i0); これは前…

連鎖平衡を代数統計する

2アレル多型が2つある。そのアレル頻度をそれぞれp1,p2,q1,q2とする 連鎖平衡の下での4ハプロタイプの頻度をh1,h2,h3,h4とする Singularを使ってやってみる ring p=0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring h=0,(h1,h2,h3,h4),lp; setring p; map f = h,p1*q1,p1*q2,p2*q…

Hardy-Weinberg Equilibriumを代数統計する

こちらから 2アレル多型の2つのアレルの頻度をそれぞれp1,p2とする HWEの下での3ディプロタイプの頻度をg1,g2,g3とする の関係にある g1,g2,g3には制約関数があるが、それを代数アプリケーションSingularで求めてみる ring p = 0,(p1,p2),lp; ring g = 0,(g…