ぱらぱらめくるシリーズ

1.ベイズと分布 ぱらぱらめくる『はじめての統計データ分析』

ポイント ベイズ流では、分布を扱うこと、ベイズの定理を使うこと、事前分布が必要なこと 分布は大事であって、この本では分布を使う、ということ 分布には データ分布・標本分布がある 理論分布がある 分布を使うために知っておくべきこと データ分布と理論…

まえがきと目次を読む ぱらぱらめくる『はじめての統計データ分析』

まえがき この本では 「仮説」と「データ」を持っているときに 「仮説が正しい確率」を計算する 「仮説が正しい確率」を含め、「データ」に基づいて算出する量を「生成量」と呼ぶ 「仮説」を検定しない 目次 1. データの整理とベイズの定理 2. MCMCと正…

準備 ぱらぱらめくる『はじめての統計データ分析』

こちらを参考に、Rコードが動くようにしよう この準備でやっていること Rというソフトウェアをインストールする 『はじめての…』では、rstanという名前のパッケージを使うので、それをインストールしている rstanは統計手法的な「答え」を数学の問題を解くよ…

ぱらぱらめくる『he Elements of Statistical Learning, Second Edition』

The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference, and Prediction, Second Edition (Springer Series in Statistics)作者: Trevor Hastie,Robert Tibshirani,Jerome Friedman出版社/メーカー: Springer発売日: 2008/12/01メディア: ハードカ…

実行:ぱらぱらめくる『統計データ分析 ―ベイズ的〈ポストp値時代〉の統計学―』

実行は、srcAディレクトリのファイルをコピーペーストして実行するだけ 6章分 source('myfunc/myfunc.R') 冒頭でmyfuncディレクトリのmyfunc.Rソースを読み込みます このmyfunc.Rは、myfuncディレクトリ内のそのほかのいろいろなxxx.Rソースを読み込みます …

準備:ぱらぱらめくる『統計データ分析 ―ベイズ的〈ポストp値時代〉の統計学―』

はじめての 統計データ分析 ―ベイズ的〈ポストp値時代〉の統計学―作者: 豊田秀樹出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2016/06/02メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (11件) を見る 準備 こちらに書籍用の諸ファイルがあります ダウンロード…

1 Empirical Bayes and the James-Stein Estimator:もう一度ぱらぱらめくる『Large-Scale Inference』

何かしらの観測をしたときに、観測値から真値を推定しようとしている。今、何の事前情報もなければ、観測値そのものが真値である尤度が最も高い。単一対象に関する、無情報を前提とした最尤推定値が得られる。 一方、真値について事前分布を置き、観測値と真…

Foreword:もう一度ぱらぱらめくる『Large-Scale Inference』

データ解析の3時代区分 記述統計 実験/介入結果の解釈(ピアソン・フィッシャー・ノイマン・ホテリング) 大規模データの解釈 この本で目指すこと 大規模データ手法の共通基盤となる考え方の説明 Empirical Bayesと呼ぶ FDRが先例 この分野は未解決問題がある…

もう一度ぱらぱらめくる『Large-Scale Inference』

こちらでFDRに絡めて、この本の元ネタ資料をぱらぱらめくってある 再度、めくりなおすことにする Large-Scale Inference: Empirical Bayes Methods for Estimation, Testing, and Prediction (Institute of Mathematical Statistics Monographs)作者: Bradle…

ぱらぱらめくる『Toward Clinical genomics in everyday medicine: perspectives and recommendations』

Toward clinical genomics in everyday medicine: perspectives and recommendations. ペイパー 臨床現場でのゲノム情報・エクソーム情報の利用にあたって、関係諸分野が集まって作った報告書 それほど目新しいことは出ていませんが、図表を確認すると、知識…

ぱらぱらめくるselective inference論文

Selective inferenceは「データを眺めることで、説明変数を絞りこみ(selectionし)、そのうえで絞り込んだ変数について推定(inference)することにするが、そのときselectionがinferenceに影響するので、どうするのがよいのかを考えよう」と言ってよいでしょう…

ぱらぱらめくる『Nature Reviews Genetics』2015

年末。 12月号 Single-cell epigenomics: techniques and emerging applications 1細胞エピゲノム 11月号 Molecular insights into transgenerational non-genetic inheritance of acquired behaviours DNA配列によらない後天的行動の遺伝 Random monoallel…

ぱらぱらめくる『Diagnostic Measurement-Theory, Methods, and Applications』

目次 1. Introduction I Theory: Principles of Diagnostic Measurement with DCMs 2. Implementation, Design, and Validation of Diagnostic Assessments 3. Diagnostic Decision Making with DCMs 4. Attribute Specification for DCMs II Methods: Psych…

06 Surface rendering ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

Surface renderingの必要性はGPUの発達で薄れつつあるが… ContoursデータからSurfaceを作る 三角化 グラフ扱いをする。点とその近傍(ユークリッド距離としての近傍・トポロジー的な近傍) グラフの扱い Shared vertex representation Winged-edge data struct…

05 Human-computer interaction for medical visualization ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

画像処理後データを何の目的で、どのように使うかは処理の質・時間などと密接に関連する それを系統的に考えるための章 まあ、常識的な話

04 Image analysis for medical visualization ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

Image segmentationの話(画像領域を分ける) 境界を探して決める 同一セグメントに帰属する範囲を定めて結果として境界を決める Preprocessing ROI (Region of Interest) selection 補間、規格グリッド適合 分布補正〜ヒストグラム変換 Noise reduction techn…

02 Acquisition of medical image data ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

グリッド 2D grid, 3D grid, Grid point (pixel, voxel) グリッド2点の中間点〜linear sample point グリッド正方形の中心点〜bilinear sample point グリッド立方体の中心点〜trilinear samle point 辺・面・立方体上の点をパラメタ表示して補間する アー…

01 Introduction ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

大きな中身 To explore data To test a hypothesis based on measurements or simulations and their visualization, and the presentation of results 構成 Part I Acquisition, analysis, and interpretation of medical volume data 立方格子の各ボクセル…

ぱらぱらめくる『Visual Computing for Medicine Theory, Algorithms, and Applications』

Visual Computing for Medicine, Second Edition: Theory, Algorithms, and Applications (The Morgan Kaufmann Series in Computer Graphics)作者: Bernhard Preim,Charl P Botha出版社/メーカー: Morgan Kaufmann発売日: 2013/12/09メディア: ハードカバー…

ぱらぱらめくる『Computer simulations: tools for population and evolutionary genetics』

ペイパー Simulation strategies Forward Backward Ways to use Predictive uses Statistical inference Validating statistical methods Designing a simulation study For predictive uses For statistical inference Choosing simulation softwares

ぱらぱらめくる『データ匿名化手法』

データ匿名化手法 ―ヘルスデータ事例に学ぶ個人情報保護作者: Khaled El Emam,Luk Arbuckle,木村映善,魔狸,笹井崇司出版社/メーカー: オライリージャパン発売日: 2015/05/23メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (8件) を見る 目次 1章 イ…

ぱらぱらめくる『Randomized Algorithmsの講義』

サイト 1 Introduction: Randomized algorithms とは乱数を使って何かの推定をする。その推定値に(証明された)確率的上限・下限をつける 2 確率変数の値がどれくらい狭い範囲にまとまっているか:まとまり具合 Concentration of random variablesを示す不等式…

空間を抑える Sketching and streaming algorithms I & II & IIIの前半:ぱらぱらめくるCrash course "Sublinear Algorithms for Big Datasets"

Sketching and streaming algorithms IのPDF、同 II のPDF、同 III の前半のPDF いきなり「実例」が始まっている…ということは、要するに「こういう課題設定」なら「こういうsublinear algorithmがありますよ」という(ある意味で雑多な)カタログがsublinear …

イントロダクション:ぱらぱらめくるCrash course "Sublinear Algorithms for Big Datasets"

イントロダクションのPDF Big dataを使う例 (1,2,...,n+1)の値のカードがあるときに、バラバラな順番にn枚のカードを見たとする。出ていないカードの値を当てるには、n+1個の値の出た・出ないを全部覚えておく必要はない(覚えておいても良い)。それまでに出…

ぱらぱらめくるCrash course "Sublinear Algorithms for Big Datasets"

資料はこちら 構成 イントロダクション Sketching and streaming algorithms I Sketching and streaming algorithms II Sublinear-time algorithms I Sublinear-time algorithms II + Introduction to MapReduce

実用に関すること Sublinear-time algorithms IV:ぱらぱらめくるCrash course "Sublinear Algorithms for Big Datasets"

空間と時間とをsublinear化する例のPDF、ビッグデータの検定Lp検定のPDF、グラフ状のデータマイニングの例

Sublinear-time algorithms III後半:ぱらぱらめくるCrash course "Sublinear Algorithms for Big Datasets"

Sublinear-time algorithmsのPDF

ぱらぱらめくる『Topological and Statistical Methods for Complex Data』

Topological and Statistical Methods for Complex Data: Tackling Large-Scale, High-Dimensional, and Multivariate Data Spaces (Mathematics and Visualization)作者: Janine Bennett,Fabien Vivodtzev,Valerio Pascucci出版社/メーカー: Springer発売日…

ぱらぱらめくる『Causal Inference for Statistics, Social, and Biomedical Sciences』

Causal Inference for Statistics, Social, and Biomedical Sciences: An Introduction作者: Guido W. Imbens,Donald B. Rubin出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2015/04/06メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを見る 目次 Part I…

Parts III,IV,V,VI 各論ぱらぱらめくる『Causal Inference for Statistics, Social, and Biomedical Sciences』

割り付けがどうなされているか・観察データの得られ方がどうなっているかによって、スタディを分類し、それぞれに対する手法があるので、それについての説明になっている 分類と帰属手法名とを目次を見て列挙するとよいだろう Part II Randomized Assignment…