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集合の部分集合はべき集合として、相互に要素の持ち合い関係を有する。要素数nの集合のべき集合(部分集合の集合)はもとの集合そのものと空集合とを併せて、個。これらの関係は束になっており、そのグラフ表現はこの通り(要素数６の場合)。 束については、駆…

幾何学的に図を描くのは骨が折れる。Mathematicaなどを用いてもよいが、関数化が面倒だ。Rを用いるのも同様だ。その点、紹介するCinderella(シンデレラ)はすてきだ。以前、インストールして使っていたが、ハードディスクの故障とともに復活させずにいたが、…

HapMap,Haploviewにてトリオ(CEUサンプル、YRIサンプル)のデータをハンドリングしている箇所は、オープンソースHaploviewの "edu.mit.wi.haploview"パッケージの"HaploData.java"クラス。 トリオ関係については、ソースにじか書きしてあって("edu.mit.wi.hap…

※ この記事の本体部分(Arlequinを用いた遺伝解析実習はこちら) ペアワイズLDの算出はLDブロックの基本である。論文等でもっともよく用いられるLD指標はr^2,D'である。また、Haploviewにては、それらに加えて、LODが用いられている。D',r^2については、比較的…

フリーアプリケーションTreeViewをダウンロードしよう(URL) 樹の構造をテキスト表現する方法もいくつかあるが、 (B1:0, (((B3:0, B5:2.00000):0, B2:1.00000):0, B4:0.00000):1.00000); は、Newick書式(URL)と呼ばれ、樹を描くアプリケーションの複数で用い…

HaploviewはHapmapプロジェクトデータからのデータダウンロードに対応したSNPデータの連鎖不平衡解析ツールである。そのウェブサイトはこちら。その公開は論文化に先立ってなされていたが、その概要の論文化は2005年に入ってから(Barrett JC, Fry B, Maller …