入門ベイズ統計―意思決定の理論と発展作者: 松原望出版社/メーカー: 東京図書発売日: 2008/06メディア: 単行本購入: 107人 クリック: 2,061回この商品を含むブログ (46件) を見る 第１章 ベイズの定理 ベイズ、ベイジアン 事象、確率、条件付確率 可測事象と…

背景はこちらの記事とこちらの記事で。 注！もろもろ、未検証のβ版です。 おそらく大丈夫 まとめなおした記載はこちら 添付は、このベータ版関数の出力について次の３相関をプロットしたもの。上段が、６カウントについて、ロジスティックのｐとトレンド検定…

今、次のような２ｘ３カウントデータのファイルがあるとする。 rs1 10 20 30 40 20 10 rs2 11 21 31 41 21 11 ファイルを読み込んでロジスティック回帰をして、そのを返す関数 LogisticTestColumns2<-function(file,columns){ data<-read.table(file) res<-c…

こちらにGWASでのSNP関連検定に漸近近似ベイズ因子を用いる論文について書いた。 以下、20080821と重複になる部分もあるが、漸近近似に中心を移して書く。 事前確率分布のおき方によっては、解析的にベイズ因子を算出するのは難しい。 適当な事前確率分布を…

最近の論文では、こんなものが。 ベイズは以下に示すＲのパッケージのインストールで山のように依存関係のあるパッケージのインストールが必要となることからもわかるとおり、面倒くさい(計算量もすくないわけではない・・・)。ので、漸近近似でベイズ因子を…

あちこち、つまみ食いをしているうちに、こんなサイトへと流れ着きました。 その名も『RとWinBUGS』 RとWinBUGSで、MCMC-ベイズをしましょう、と。 確率密度分布。 MCMCで無記憶(１回前までの情報のみ)で確率密度を更新。 そのためには、更新するときに、分…

Am J Hum Genet 81 208-227 (2007) A Bayesian Measure of the Probability of False Discovery in Genetic Epidemiology Studies. by J. Wakefield Am J Hum Genet 81 304-320 (2007) Bayesian Mapping of Quantitative Trait Loci for Multiple Complex Tr…

尤度をモデルを構成するパラメタの分布範囲について積分して求めたもの。パラメタの事前分布をいじると複雑に・・・。 尤度比検定では、モデルを構成するパラメタについて、最尤推定値を用いる点と、尤度比から得られる統計量をカイ自乗分布にてP値化する点…

伴走資料はこちら イントロダクション 離散的データ 観測現象は、カテゴリカルに記録される。たとえば現象を観測すると、複数のカテゴリがあって、そのいずれかである。 ベイズ を観測したらだった。そのあとに影響されるを観測したらだった。そのあとに影響…

サイクルを持たない有向グラフを考える。向きを持つ辺の出る側の点を親、入る側の点を子と呼ぶことにする。このようなグラフにはモラルグラフなるものが定められる。 モラルグラフでは、同一の点の親同士の間に辺を与え、すべての辺の向きを取り除いたもので…

論文はAJHG 79 100-112, 2006 (こちら) Bayesian Graphical Modelがわかっていないと、Methodsの途中から式が不明になるので、とりあえず、モデル自体の調べ物を・・・ サイト(英語) 文献 書籍 Graphical Models: Methods for Data Analysis and Mining 作者…

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