リテラシー

学部生ガイダンス

選択制のコースのガイダンスをするという 遺伝統計学・統計遺伝学を数か月でやるのは、大変なので(基礎知識をつけるところで挫折…とか)、数理処理の環境を提供すればよいのだろうか… スライドはpreziで(数日前に、preziの日本語入力がおかしかったけれど、直…

数年がかりで

統計遺伝学の基礎と統計遺伝学以外の数理医学生物学への地ならしを数年がかりでやるとしたらどうするだろうか 教科書の選りすぐり。そしてその順序 - 医学科を卒業するときに、数理解析を念頭においた医学生物学を行う素地を作っておくために、計画を立てる…

遺伝解析 ドライ入門

少し古いけれど、目次が参考になる。 Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data作者: Michael R. Barnes出版社/メーカー: Wiley発売日: 2007/04/16メディア: ハードカバー クリック: 4回この商品を含むブ…

免疫遺伝学、HLA

STATISTICAL ANALYSIS IN HLA AND DISEASE ASSOCIATION STUDIES IMGT/HLA database (EMBL-EBI) HLA Region Genetics in Immune-Mediated Diseases Zhernakova A, van Diemen CC, Wijmenga C. Detecting shared pathogenesis from the shared genetics of imm…

PBL(Project-Based Learning)

医学における数理統計リテラシーについてここに書いた 各論に対峙する力をつけることが目標 PBLなるものもある(新聞記事(そのうちリンクが切れるけれども)、Wiki) 言ってみれば、現代版「産婆術(問答法)(Wiki)」ってことでしょうか(細かく言い始めると違うと…

オミックスを楽しく概観する

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析作者: 樋口千洋出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/02メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 35回この商品を含むブログ (12件) を見る オミックス関連のオープンソースを広く紹介するととも…

データサンプルとFASTQ

次世代シークエンサーのデータサンプルはこちらから取れるようだ。 ここで使っている配列データファイルの形式がFASTQ形式で、その説明はこちら 短い塩基の連なりとその塩基の一つ一つにクオリティ情報がついている 1塩基に1文字のクオリティ情報をつける…

ZENphotoを使ってみる

こちら

コードを探す

こちらを参照

疾患関連遺伝子を検索する

友人から、教えてもらいました JSNP で疾患形質関連SNPリストが検索できる(こちら) その元ネタはこちら

ACCE (Analytic validity, Clinical validity, Clinical utility and associated Ethical, legal and social implications) project by CDC(USA)

臨床的妥当性(Clinical validity)という概念 ACCE 文献:Beyond odds ratios --- communicating disease risk based on genetic profiles. P Kraft et al. nat reviews genet 10:264-268 2009

VarySysDBとmRNA by SNP Browser

GWAをの結果の解釈にe-QTLを使う VarySysDB mRNA by SNP Browser

情報検索

図書館からあった、遺伝学検索サイトのお知らせ。Scitable たとえば、linkage disequilibrium は LD 分からないけど、人に訊くのを一瞬ためらうような、「基礎的」な説明を得るにも、レビューを手っ取り早く探すにも、役にたつかも知れません。ちなみに、そ…

XML,HTTP,HUGO,GO,MIAME....

○オーム解析データのフォーマットがばらばらなのは、かなりの苦痛だ。どのフォーマットも、もちろん、データを格納できているので、了解可能であるし、相互に変換可能である。しかしながら、可能だからと言って、それをやりたいかどうかは話しが別。どの程度…

JSTによる遺伝統計関係のアプリケーションリンクサイト

JSTによる遺伝統計関係のアプリケーションリンクサイトこちら

ウェブネットワーク流問題

Google検索には常日頃から多大な恩恵をこうむっている。Googleツールバーには、PageRankといわれる機能があり、サイトの「よさ」の指標のひとつとして使える。本サイト「ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ」は、このPageRankがほとんど零点であったが、1周年…

UCSC Genome Browserへリンクしてゲノムデータを管理してみる

自己ゲノムデータをパブリックゲノムデータとリンクしてブラウズしたりするには、Generic Genome Browser GBrowse(こちら)などを利用することも可能だが、より簡便には、UCSC BioinformaticsグループのGenome Browser(サイトはこちら)のカスタムトラック機能…

情報の海の中で

レビュー誌の創刊が盛んだ。自分が関係する分野の主要な論文のタイトルを眺めるだけでも大変だ。 Webベースのレビュー誌のようなもの Faculty of 1000 なるものがあった。PubMedの検索にもバナーが表示されるらしい(URL) ちなみに、"recommended"でランクイ…