駆け足で読むシリーズ

駆け足で読む『箱玉系の数理』その3

こちらからの続き 第3章 箱玉系 箱玉系は 2値を取る空間1次元のフィルター型セルオートマトン 1の値が有限の時、すべての状態がソリトン的 0,1の動きを箱の並びとそこに玉が占拠する状態にもして力学系に拡張したもの 箱玉系の玉移動 手作業的手続き …

駆け足で読む『曲線とソリトン』その2

こちらの続き 曲線とソリトン (開かれた数学)作者: 井ノ口順一出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2010/03/01メディア: 単行本 クリック: 9回この商品を含むブログ (3件) を見る 7. 進行波解の定める曲線 曲線は曲率で決まる 取り扱いやすい曲線は曲率の微分…

駆け足で読む『曲線とソリトン』

曲線とソリトン (開かれた数学)作者: 井ノ口順一出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2010/03/01メディア: 単行本 クリック: 9回この商品を含むブログ (3件) を見る 目次 1. 平面曲線 2. フレネの公式 3. 曲線の表現公式 4. 楕円関数 5. 平面曲線の時間発展 6.…

ソリトンをRで描く(箱玉系の数理 第2章 セルオートマトン)

箱玉系の数理 (開かれた数学)作者: 時弘哲治出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2010/01/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 14回この商品を含むブログ (6件) を見る 振幅に比例する速度で進む波が形を変えない。これをソリトン波という ソリトン波は複数…

ノイマン近傍とグライダーの移動(箱玉系の数理 第1章 セルオートマトン)

駆け足で読めるか…『箱玉系の数理』 箱玉系の数理 (開かれた数学)作者: 時弘哲治出版社/メーカー: 朝倉書店発売日: 2010/01/01メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 14回この商品を含むブログ (6件) を見る こちらで、2次元の拡散過程を扱っている。 ある点…

駆け足で読む『生物海洋学入門 第2版』

海洋生物に関する遺伝的調査… どれだけ読むか不明… 生物海洋学入門 第2版 (KS自然科学書ピ-ス)作者: 關文威,長沼毅出版社/メーカー: 講談社発売日: 2005/02/09メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (1件) を見る …

駆け足で読む『確率論的リスク解析の数理と方法』

疾患のモデル化をしている(こちら) 確率過程も別途行っている(こちらとこちら) 以下の本は、確率過程をリスク過程で実施するために利用可能な、利用されている事項が手際よく順を追って紹介されている(ようだ、まだ本を開いてめくっただけなので…)。 確率論…

駆け足で読む『組みひもの数理』

新版 組みひもの数理河野 俊丈遊星社発売日:2009-09ブクログでレビューを見る»大学教養・高校数学オリンピック向けの講義・セミナーを下敷きにした組みひもの話。群とか、わからなくても、どういう方向でひもの話を抽象化したいのか、ということを理解する…

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第II部

第II部 基礎を超えて 基礎を超えてしまっているので、駆け足ではちょっと無理。ぱらぱらめくって構成を知ることにします 第7章 有限Fourier解析 1のb乗根とその周期性を利用する() これを利用して関数を展開した表現がFourier級数 のこぎり関数とDedekind和…

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第6章 魔方陣

魔方陣と半魔方陣 魔方陣はが縦・横・対角線の和が同じになるようににならべられたもの 半魔方陣は非負整数成分を並べて、行・列の和が等しいもの 半魔方陣の制約は多面体とその格子点に対応させることができて、その場合の数は、多項式で表せる Birkhoff-vo…

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第5章 面数とEhrhart理論に関するDehn-Sommerville関係式

多面体pのk次元面の数 Eulerの関係式

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第4章 相互法則

有理凸多面体について、が成り立つ 内部格子点の数え上げは「閉包」の格子点の数え上げと同等

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第3章 多面体の格子点を数える:Ehrhart理論

任意の凸多面体は新たな頂点を加えずに三角形分割できる 三角形分割とは、共通面のみで接する(重なる)ようなd-単体(これが三角形のようなもの)の集合に分けること。2次元での三角形分割の多次元一般化。 尖状錐(pointed cone) 尖状錐とは、ある点とそこから…

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第1章 Frobeniusの硬貨交換問題

母関数 無限数列を係数に持つ関数 フィボナッチ数列(こちらから、Sequence ID = A000045)の母関数は 等比級数()のそれは 上記、母関数の導出には部分分数分解を使った 部分分数分解 は多項式の次数が未満のときに と分解されることを言う Frobeniusの硬貨交…

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』目次

離散体積計算による組合せ数学入門 (Undergraduate Texts in Mathematics)作者: M.ベック,S.ロビンス,岡本吉央出版社/メーカー: シュプリンガー・ジャパン株式会社発売日: 2010/07/04メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 66回この商品を含むブログ (2件) …

駆け足で読む『離散体積計算による組合せ数学入門』第2章 離散体積の展覧会

凸多面体 頂点記述(頂点座標を与える記述) 頂点を与えれば、,,として与えられる凸多面体 超平面記述(囲んでいる超平面を与える記述) ,,として与えるのは、超平面記述の1つ 超平面はとして与えられる。の場合はを法線ベクトルとする(に垂直な)面になる d-多面…

駆け足で読む『Chapter 43 Forensics in Handbook of Statistical Genetics』

43章 Handbook of Statistical Genetics作者: David J. Balding,Martin Bishop,Chris Cannings出版社/メーカー: Wiley-Interscience発売日: 2007/10/01メディア: ハードカバー クリック: 16回この商品を含むブログ (5件) を見る イントロダクション DNA配列…

駆け足で読む『統計学を拓いた異才たち』

日本語でつかむ。 統計学を拓いた異才たち―経験則から科学へ進展した一世紀作者: デイヴィッドサルツブルグ,David S. Salsburg,竹内惠行,熊谷悦生出版社/メーカー: 日本経済新聞社発売日: 2006/03/20メディア: 単行本購入: 28人 クリック: 366回この商品を含…

駆け足で読むAn Introduction to Copulas

An Introduction to Copulas (Lecture Notes in Statistics)作者: Roger B. Nelsen出版社/メーカー: Springer Verlag発売日: 1999/06/01メディア: ペーパーバック クリック: 11回この商品を含むブログ (1件) を見る 全体を通じて 2次元Copulaで概念説明 多次…

Milestone 23

23. Genome-wide maps of DNA methylation CpGのCがメチル化されることが発現調節因子のDNA結合をブロックすることが示されたのが1980年代の終わり DNAのメチル化状態を実験的に調べる手法として、非メチル化シトシンをウラシルに変えるbisulphiteを使った、…

Milestone 22

22. HapMap 1990年代に、SNPのタイピングが技術的に可能であることが議論された 1996年に家系サンプルを用いた連鎖解析ではなく、多型を用い連鎖不平衡解析が複合遺伝性疾患の遺伝的リスクの同定に適切であること、それにはSNPのような、高密度な多型マーカ…

Milestone 21

21. ENSEMBL-an example of a gene annotation tool ゲノム上に遺伝子がコードされていることは、「予測」されている もっとも初期にはORFにあてはめることから始まり、コーディング領域と非コーディング領域との配列特性の違いを利用するようになった この…

Milestone 20

20. DNA assembly programs 次世代シークエンサーの時代となり、大量の短配列をアセンブルする必要が増している アセンブルアルゴリズムの初代は、Phred, Phrap and Consed Phredは実験出力に塩基を割り当て、Phrapは複数のPhred結果を併せて、Consedによっ…

Milestone 19

19. Launch of UCSC Genome Browser DNA配列情報が蓄積され始めたころ(1980年代半ばまで)は、日米欧の3箇所に配列データベースのセンターがあった ヒトゲノム配列のドラフト完成時には、Ensemble,UCSC,NCBIの3ポータルで利用可能になった ゲノム配列情報の…

Milestone 18

18. Sequencing by synthesis,Sequencing by ligation/plony sequencing ハイスループットで廉価なシークエンス技術の登場 反応試薬の部分のコストダウンが重要で、そのためには、試薬を大量の配列標的に使いまわすことは適当。これは、1998年のPyrosequenci…

Milestone 17

17. RNAi anti-sense RNAの導入によるmRNA発現制御は1980年代半ば その後、antisense RNAはssRNAよりdsRNAが制御力に勝り、それは、単純な相補鎖結合による制御よりも複雑な機構が示唆された(1998年) 生理的な役割は、植物や菌類におけるpost-transcriptiona…

Milestone 16

16. Microarray technology 多様なオリゴヌクレオチド配列の合成とそのガラス上への布置技術(1991年) 微細化 対象の拡張。mRNA測定からDNA配列(多型解析)

Milestone 15

15. BLAST-the key to comparative genomics 遺伝子配列の似ている程度の評価 比較ゲノム学 Dynamic programming (1970年) その発展形として、Smith and Waterman (1981年) 多数の配列プールに対して実施するHeuristicアプローチは1988年。完全マッチの短配…

Milestone 14

14. ChIP クロマチンが遺伝子発現・DNA修復・DNA複製に関係し、クロマチン修飾がその制御と密接な関係にあることがわかるにつれ、ChIPの意義は高まっている Formaldehtde crosslinkingにより、histone-DNA結合、histone-histone結合が検出可能となった ヒス…

Milestone 13

13. YACs/BACs 組み込みDNA配列長は大腸菌環状プラスミドでは50kb 遺伝子機能解析にあたって、転写調節部位全体を組み込むには短く、また、ゲノムシークエンスするにも、単位が短い問題があった 1987年に、YAC(yeast artificial chromosomes)が作られた 500K…