Glossary
Coalescentを含めモデルを扱った論文を読んでいると、文中でさらっと、『「ガンマ分布」を用いて、次のようにモデル化する』というような表現が出てくる。引用文献がついている場合もあるが、基本的な分布などになると全く何も書かれていない(当然だが)。と…
Most recent common ancestor 引用文献 詳細はこちら Universal ancestor 引用文献 ヒトの現時点の個体集合は、過去に存在した祖先の子孫である。祖先の数は、増えていく(父母より祖父母、祖父母より曽祖父母の数が多い)。逆に言うと、ある世代のある個体は…
Coalescentとは 英単語としては「癒合した」とか「合体した」とかいう意味 あるＤＮＡ断片とあるＤＮＡ断片との関係がcoalescentというのは、2本のＤＮＡ断片を過去に遡ると、同一のＤＮＡに癒合するという意味 あるＤＮＡ断片(染色体の一部)は、新規の変異…
元記事はこちら Score(スコア)もLikelihood(尤度)もそれを使って、「最尤推定値」を求めるもの(こちらも参考)なわけだけれど、ScoreにしろLikelihoodにしろ、うまいこと直接算出できないときにQuasi-Score,Quasi-Likelihoodを算出してそれをScore,Likelihood…
参考文献はこちら ハプロタイプ系統樹において、あるアレルをもたらす変異に着目する。その変異を持つハプロタイプが作る木は、その変異を持たないハプロタイプが作る木と、その変異に相当するエッジのみにて連結であるような木を想定したCoalescent過程を I…
本メモサイトの再考ページも参照 The Dirichlet is a vector of unit-scale gamma random variables, normalized by their sum... ディリクレ分布を数学側から調べるとなかなかわかりやすい説明に行き着かない。それは、ベータ分布の多項拡張だとか、ガンマ…
星型(maypole型)のGenealogy(系統樹)。Coalescenceモデルでハプロタイプ系統樹を考慮するときの最も単純なモデル。通常、ハプロタイプ系統樹は組換え体を含むグラフ状(Ancestral recombination graph);ARGになるが、star genealogyを仮定すると、ARGは樹状(…
Planetmathの記事 Wikipediaの記事『測度論』より：『ルベーグ測度： R 上の区間を全て含む完全加法族の上で定義され、μ([0,1]) = 1 を満たす、唯一の完備かつ平行移動不変な測度』
Planetmathの記事
Planetmathの記事
Planetmathの記事 Wikipediaの記事
Wikipediaの記事
Probability(確率) 何かを観測する場合を想定している 観測するとき、標本とその観測値とが得られる 観測値が離散的(サイコロの目が、1,2,3,4,5,6の６通りであるような場合)な場合には、それぞれの観測値(目の数)について、その目が出る確率がある(きちんと…
サンプル値系列が独立で同じ確率分布に従うとき、 『測定値の集合 がn i.i.d.であるとする。(は確率分布に従う、の意)・・・』 などと書く。 ちょっと字面が似ている iff 【接続】 ＝<→if and only if> 【略】 ＝if and only if 〜の時かつその時に限り◆数学…
参考サイト 尤度と対数尤度分布を用いた３種類の統計量・検定法である、「尤度比検定・Wald検定・スコア検定」を説明したパワーポイントファイル http://www.rs.kagu.tus.ac.jp/hamada/jyugyo.html :東京理科大講義メニュー] の『第10回』http://www.rs.kagu…
多型のアレル頻度からWright's F 統計量を算出する。Wright's F統計量は集団中のsubstructureの程度を定量的に現したものである。Wright's F統計量は、次のような根拠を用いる。集団のsubstructureは、ランダムメイティングが起きていないことと同じである。…
生物の繁殖等にあたり、次世代のかけあわせのために個体を選ぶ方法の１つ。量的形質において、好ましい形質の値がある一定値(truncation point)を越える(に満たない)個体を選択する。連鎖不平衡マッピングにおいて量的形質を対象にするときに、解析対象をそ…
ぼーず確率については、ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ - Coalescence発生待ち時間の算出で書いたが・・・。その発展編。 Dirichlet分布一般については、関連記事(こちらとこちら)も参照。 ながらくイメージのつかめなかった、Dirichlet分布がようやくわか…
