こちらをいくつかやってみる Try some in this page. Vector_Subsetting "vectorsubsetting.cpp"という名前で保存 Save below as "vectorsubsetting.cpp" #include <Rcpp.h> using namespace Rcpp; // [[Rcpp::export]] NumericVector positives(NumericVector x) { </rcpp.h>…

Rをインストール Install R Rstudioをインストール Install Rstudio RstudioのツールバーメニューからC++ファイルを新規作成、とすると、もしコンパイラとかの準備がまだだったらdevtoolsとかのインストールをするかどうか訊いてきてくれるので、それにした…

準備と動作確認 Preparation 練習 Practice 線形代数ライブラリを使う LinearAlgebra 自分のためにRcppを使ってみる

今年は、資料を電子ファイル化して保全することに取り組みました。 基本的にはRmd形式のテキストファイルで作り、そこからhtml化し、epub化して、kindleに保管をしてもらう、という形です。 Rmdからhtml/epub化することを覚えれば無料で入手できます。 kindl…

こちらのメモをepub化して、散逸しないようにしておく Rmdファイル(Rmdファイルのhtml化・epub化のやり方はこちら) 四元数とそのフーリエ変換作者: ryamada発売日: 2014/12/22メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "四元数とその…

コードするとしたら、四元数をsimplex/perplexという直交する２つの複素数で分けて、それぞれに、普通のフーリエ変換のコードを利用するのが「吉」。なぜなら、普通の高速フーリエ変換のアルゴリズムはとても速いから それがうまくいっていることを、ベタに…

3Dでは純虚部分を空間３次元に、4Dでは実＋虚４成分を4次元に対応させる。 3D 反転 原点から法線ベクトルを定め、その面での反転は、単位法線ベクトルnと3次元の点pを実成分0の四元数で表したうえで、という簡単な計算 n.pt <-5000 # 単位球面を作ってから、…

畳み込み こちらに畳み込みのコード たとえば２次元カラー画像があって、各ピクセルにRGBカラー３次元情報があるとする これを純虚四元数で表す そこに、フィルタをかぶせて畳み込む そのフィルタは２次元(小)行列になるけれど、その要素を四元数とすること…

普通のフーリエ変換では、と表せて、純虚数が用いられる 四元数フーリエ変換ではの代わりに、単位純虚四元数が用いられる。純虚四元数はいろいろなものが取れてしまうわけであるので、一意には決まらない 今、ある四元数関数をsimplex/perplex分解()すれば、…

Rのonionパッケージを使って、実際の処理などをなぞることとする(onionパッケージのごく基礎) 四元数 基本 library(onion) a <- runif(4) q <- a[1] * H1 + a[2] * Hi + a[3] * Hj + a[4] * Hk q. <- a[1] * 1 + a[2] * 1i + a[3] *Hj + a[4] * Hk # これで…

多次元多様体を経時撮影するデータをシミュレーションしたい まず、球とそれの連続変形体を作るとしよう 一つの作り方は、球をその法線方向に伸び縮みさせる関数を周期関数を用いて滑らかに作ることにする。3次元の例 # 極座標化する my.sp.coords <- functi…

シミュレーションでは、大きく２つの手法を採用している コレスキー分解 地点ごとの値の似ている具合が共分散行列になるので、それから多変量正規分布を使うなどするに際してコレスキー分解 発生地点数ｘ変数の数が増えるとどんどん大変になるのは、想像がつ…

事前知識はこちら イントロ 何を扱うパッケージか、と言うと 時空間Tはd次元 そこに実数変数がm項目 実数変数が作るm次元ベクトルがd次元空間に広がっていて、変数同士がd次元空間における位置関係(時空間での位置関係なので時刻的な遠近も含む)で相互関連を…

場にランダム過程があるときにそれを解析したり、そんなデータをシミュレーションしたりするパッケージとしてRandomFieldsがある 使ってみる まずはシミュレーション。RMsimulate()のExamplesを実行してみる 何やら、地面の模様のようなものができる このま…

htmlファイル kindle形式はここに現れる予定 状態推移シミュレーション?臨床的例を用いて?作者: ryamada発売日: 2014/11/09メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る Rmdファイル # 状態推移 Status-transition ## 基本 Basics - 確率的に何かが…

2015年度の修士向け講義は、「基礎の基礎」に戻ります(こちら) 日本人類遺伝学会の教育講演も、それに沿った話にします そのためのメモ こちらに図などがうまくいっていないかもしれないepub(文書の散逸防止のためにkindleにも置いています。以下のRmdファイ…

ネット上のテキストや文書などを文字列解析して、そこにある単語の個数を数え、多い単語を目立つように、少ない単語を目立たないようにカンバスに配置して全体として雲のような形にしたり、ちょっと面白い形にしたりするのがワードクラウド 文字列解析しなく…

こちらの記事で、関数解析について勉強した ２次元に時刻パラメタで記録された曲線の解析をしてみよう テキストブックのサンプルコードはこちら データはこんな感じ library(fda) # handwrit は"fda"の筆記文字の情報 # 全1401点、20個のfda筆記サンプル、2…

こちらの記事で、関数解析について勉強した 基本、データから基底関数集合の線形和として曲線を平滑化・推定する。複数の曲線について、その曲線を従属変数(従属関数でもよい)の説明情報と見立てるのだが、そのとき、説明情報というのは、位置ごとに値を持っ…

Functional Data Analysis with R and MATLAB (Use R!)作者: James Ramsay,Giles Hooker,Spencer Graves出版社/メーカー: Springer New York発売日: 2009/07/02メディア: ペーパーバック購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る MATLABで作ってR…

曲線解析をスポーツに応用(こちら) 動画撮影して個人のプレーの動きを集計、特徴を関数として抽出して改善につなげるらしい(ミラノ工科大のMOXからのスピンアウト企業、MOXOFFがバレーボールに。すでにボートはやっていた→PDF) Functional Data Analysis wit…

記号案内 library(kinship2) # 全員に通し番号 id <- 1:15 # 性別。１：男、２：女、３：不明、４：中絶 sex <- c(1,2,2,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2,3,4) # 名前を付ける lab <- id lab[which(sex==1)] <- paste(lab[which(sex==1)],"郎",sep="") lab[which(sex==2…

生物は、別に直線とはであることを知っていたりするわけではなく、「ありふれたインプット」を蓄積して、新たなインプットをそれと照合していることだろう たとえば二次元視覚入力の場合、2次元平面に光刺激のパターンを受け取り、それが頻回ならば、それを…

昨日の記事で、観察乱雑項(やルールの上に酔歩性が乗っている軌道の酔歩性部分)は、観察点間距離が小さいところでの方向変化の一様性としてあらわれ、観察点間距離を長くすると方向変化の一様性がなくなることを見た ということは、近くの動きは無視して、適…

昨日の記事で、ルールのある軌道に観察乱雑項が入ったときは、微小区間では方向変化が一様分布するが、長区間では一様(乱雑)が見えなくなることを書いた 今日の記事は、そのもっとも単純な例、「定速進行」＋「観察乱雑項」の場合に方向変化は観察点間距離と…

酔歩は進行方向をランダムに変える 酔歩の軌道は、軌道上のあらゆる点で進行方向がランダムに変わる 結果として、軌道上の３点が作る２つの連続する進行方向のなす角がの間で一様分布する。そしてそれは、３点間の距離が極小でもそうだし、任意の有限長でも…

my.Moving.Frame.2 <- function(X,k=length(X[1,])){ n <- length(X[,1]) # No. points d <- length(X[1,]) # Dimension # inter-point distance L <- rep(0,n-1) for(i in 1:(n-1)){ L[i] <- sqrt(sum((X[i,]-X[i+1,])^2)) } diff.X <- list() #diff.X[[1]] …

空間内にある２曲線が一致することは、２曲線上の対応する点ペアがわかっていれば、「回転」して「平行移動」させたときにすべての点が重なることで確認できる 曲線上の点の「速度ベクトル」とその微分とその微分と、さらにその微分と…、でできる複数のベク…

スクリーニングという方法がある 「完璧」はありえない 感度を立てれば特異度を失う、そしてその逆も 量的検査値でこれを考えるときにはrocカーブが使える スクリーニングのときには、スクリーニング方法・条件をパラメタ化して、それに応じて感度特異度が出…

PDF LPCMパッケージ