Ｒのhaplo.statsの使い方（９）haplo.scoreの実行

• データの準備
  
  • 個人別ジェノタイプデータ・その他の個人別データ・遺伝子多型ラベルデータ
  • テキストファイルからの作成は、haplo.em, haplo.gmlとほぼ同様なので、詳しくはそちらを参照

#genotype情報の取り込み

geno<-read.table("genotype.txt",FALSE,"\t")

#多型ラベル情報も取り込む

label1<-read.table("snp.info",FALSE,"\t")

#ハプロタイプ推定用ジェノタイプ以外の情報の取り込み

data2<-read.table("data2.txt",FALSE,"\t")

• 解析の実行
  
  • binomialデータの場合(値は0か1)
    
    • data2の第１列(data2$V1)が{0,1}の値を有するbinomialであり、これとハプロタイプとの関係を調べるとき

score.v1<-haplo.score(data2$V1,geno,trait.type="binomial",locus.label=label1$V1)

• ordinalデータの場合(３つ以上の値にを有する列)
  
  • data2の第２列(data$V2)がordinalデータとしてハプロタイプとの関係を調べるとき

score.v2<-haplo.score(data2$V2,geno,trait.type="ordinal",locus.label=label1$V1)

• 量的形質(正規分布とみなす)データの場合
  
  • data2の第３列(data$V3)がgauusianデータとしてハプロタイプとの関係を調べるとき

score.v3<-haplo.score(data2$V3,geno,trait.type="gaussian",locus.label=label1$V1)

• シミュレーションベースで行うとき

#シミュレーションベースでbinomialデータについて解析を行うとき

score.v1.sim<-haplo.score(data2$V1,geno,trait.type="binomial",locus.label=label1$V1,simulate=TRUE)

#シミュレーション条件を指定するときは、score.sim.control関数を用いて指定する

score.v1.sim.cond<-haplo.score(data2$V1,geno,trait.type="binomial",locus.label=label1$V1,simulate=TRUE,sim.control=score.sim.control(min.sim=200,max.sim=500))

• 層別化して行うとき

#層別化用のデータを作成する

#data2$V1,data2$V2とで層別化してdata2$V3について解析をする場合

adj<-cbind(data2$V1,data2$V2)

score.v3.adj<-haplo.score(data2$V3,geno,trait.type="gaussian",locus.label=label1$V1,x.adj=adj)