SIFT

SIFT:Sorts Intolerant From Tolerant amino acid substitutions

１アミノ酸置換が及ぼすペプチド機能への影響を予測し、指標化したもの。類似ペプチド配列を集め、それをアラインメントした後、当該ペプチド配列中の当該アミノ酸置換が、アラインメントされたペプチド鎖集合の中で、どのくらい稀であるかをもって指標とする。ペプチド配列中のアミノ酸が置換された場合に分子機能に及ぼす影響は、そのペプチドが所属する分子ファミリー中における、当該アミノ酸の保存のよさに依存するだろうという仮定に基づいている。アミノ酸置換がもたらすペプチド機能への影響評価には、高次構造予測を用いるタイプのものもあるが、SIFTの特徴は、1次元配列のみを用いる点である。

Pauline C. Ng and Steven Henikoffによる論文はこちらとこちら。

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