ペプチド上のあるアミノ酸の保存のよさを算出するときに、収集可能な類似配列を集め、それらに重み付けをしないで用いると、収集ペプチド配列のバイアス(研究の進んでいる配列とその関連配列群は多く収集され、そうでない配列は登録さえされていないので集まらない、など)が結果に影響する。PSICでは、このバイアスを避けるために、収集されたペプチド配列全体でのホモロジーを元に収集配列間の系統樹上の遠近関係を定め、その遠近関係を組み込んだ上で、当該アミノ酸の保存のよさの算出する
PSIC:Position-Specific Independent Counts
Sunyaev SR らによる指標の導入論文はこちら
疾患遺伝子解析を学ぶためのカタログ(H18 3月改訂)の目次
教科書
京都大学大学院医学研究科集中講義 全８限Part I(2007)
京都大学大学院医学研究科集中講義 全８限Part II(2008)
京都大学大学院医学研究科統計遺伝学講義 全８限(2009)
以下の関連サイトへのリンク道案内ページ
遺伝子多型解析Wiki
東大医科研HGCゲノム機能解析分野(旧)
理研リウマチチーム解析資料ページ
疾患遺伝子解析を学ぶためのカタログ(H18 3月改訂)
遺伝統計学のための統計学基礎 全９限
Haploviewを用いた連鎖不平衡マッピング解析実習 全９限
Arlequinを用いた集団遺伝学実習 全７限
一から始める遺伝子多型・形質関連解析
多数のGWAS/GWASメタアナリシスとその周辺解析用のアプリケーションへのリンク
複合遺伝性疾患とは
----------News----------
20万アクセス
2008/07/20
40万アクセス
2010/09/12
-------------------------
