2005-11-03

実行手順

jarファイルからアプリケーションを起動(ファイルのダブルクリック)する
"Menu"ウィンドウ
- ３つのボタン
  - 第１ボタン
    - Wight Fisherモデルに基づくシミュレーションを実行するボタン
      - 実行に際し、パラメタを指定するための"Input parameters"ウィンドウが立ち上がる
  - 第２ボタン
    - Wight Fisherモデルに基づき、シミュレーションを小規模に行い、その結果をVGJアプリケーションにて表示する
  - 第３ボタン
    - アプリケーション終了ボタン
"Input parameters"ウィンドウ
- ８つの入力値と１つのシミュレーション開始ボタン
  - DNA長(塩基数)
    - 対象領域の長さを塩基数(自然数)で入力
  - 始祖世代人数
    - スタート時の均一集団人数
      - 本バージョンでは、人口は増減しない設定をとっている
  - 1cMに相当する塩基数
    - 1センチモルガン(cM)に相当するDNA長を塩基数(自然数)で入力。ヒトゲノムでは1000000(1Mb)超が平均とされている
    - 本バージョンでは全範囲で組換え頻度は均一であると設定している
  - シミュレーションする世代数
  - 変異率(0から1)
    - １世代あたり、解析対象範囲あたりにおきる塩基置換の頻度として0-1の有理数を指定する。通常、１世代あたり1Mb長の範囲に1-10 回程度起きるとされるが、このシミュレーションでは１世代あたり、1解析領域に0回か1回の置換が起きるものとする
      - 今、１Mb領域について、50人(100本の染色体)に対して、この値を0.01と指定すると、 $1￥times100￥times0.01=1=$ 1万個の変異が１世代で起きることになる
      - 今、１Mb領域について、50人(100本の染色体)に対して、１世代あたり、平均1個の変異を発生させようとした場合、 $￥frac{1}{10^6￥times100}$ を指定することとなる
  - 組換え率
    - 1センチモルガン相当のDNA長において、1世代あたりの組換え回数として指定。１センチモルガンは、１世代あたり平均0.01回の組換えが起きる距離であるから、0.01が適当な値となる。ただし、作成したいハプロタイプの多型度などに応じて、変化させることはできる。Physical length of 1cM(nt)への入力値と合わせて調節する
    - 0より大の有理数を指定する。１より大でも構わない
  - ハプロタイプ頻度の表示閾値(0から1)
    - 出力ファイル(テキストデータ・画像表示用データ)は、全染色体・全ハプロタイプについて行う場合と、稀なハプロタイプを出力しない場合の２通りを並列で出力する。その際に出力を省略するハプロタイプの頻度の上限値を指定する。１％以下のハプロタイプを省略する場合には0.01を入力する。入力値は、0-1
  - 出力ファイル指定
    - 複数の出力ファイルが一括して１つのディレクトリ内に出力される。参照ボタンから出力先を選び、出力ファイルの接頭語となる文字列を入力する。
  - 適用して実行ボタン
    - パラメタを適用して実行開始(Controllerウィンドウが開き、開始・保留・再開・中止が促されます)
"Controller"ウィンドウ
- "Start & Restart"ボタンで開始
- "Hold"ボタンで一時停止(絵ファイル以外は途中までの出力を確認可能)
- "Start & Restart"ボタンでプロセス再開
- "Exit"ボタンで途中終了
  - 途中終了すると、その時点までの出力が得られる