１ データ全体の集計と評価、それに基づく、解析対象データの絞込み

• 不明コール
  
  • 不明コールがランダムに入っていれば、独立性検定上は受け入れられるが、偏りは受け入れにくい
  • 不明コール上の外れ値を持つ検体・SNPを排除するのは１つの方法
    
    • 不明コールの多い検体
    • 不明コールの多いSNP
  • 排除するわけに行かない(行きにくい)不明コール
    
    • 不明コールの多い形質
    • 不明コールの多いジェノタイプ
    • 不明コールの非ランダム性("Identity-by-missingness (IBM)")
• Hardy-Weinberg 平衡検定
  
  • デフォルトはExactHWEテスト
  • オプションでカイ自乗テスト
• アレル頻度
• LD-based SNP刈り込み(pruning)
• 遺伝エラー(メンデルの法則エラー、家系エラー)
• 解析対象データの絞込み
  
  • 不明コールの多い検体
  • 不明コールの多いマーカー
  • アレル頻度
  • HWEテスト
  • メンデルの法則エラー