３ 個別マーカー関連検定(パーミュテーションテストを除く補正を含む)

• Basic
  
  • アレル頻度比較、カイ自乗検定、OR
  • ORの信頼区間は指定可能
  • 性染色体情報はMapファイルで指定してあれば、自動調整
• Full model
  
  • カイ自乗検定
  • 2x3ジェノタイプ分割表検定
    
    • 2x3 test (df=2)
    • Cochran-Armitage trend test (df=1)
  • 2x2ジェノタイプ分割表検定
    
    • Dominant/Recessive
• Genomic control
  
  • Genomic controlの記事はこちらだが、plink...では、ゲノムワイドな統計量(カイ自乗値)の分布が自由度１のカイ自乗値分布からずれている程度を、Genomic inflation factor (based on median chi-squared) 、Mean chi-squared statistic の２量にて示す。
• 層別化データ検定
  
  • Cochran-Mantel-Haenszel test
  • Breslow-Day test
• 複数ローカスについての検定
  
  • Hotteling’s T2 multilocus association test
  • Set-based tests
    
    • Regionごとに最大関連マーカーを用い、それについて、多regionsに渡ってパーミュテーション補正する
• Quantitative trait
  
  • 形質が実数であれば、Quantitative traitとして関連解析する
  • GxE(Gene-Environment)相関解析を実施
• TDT, parenTDT
• Multiple testing corrections
  
  • 補正なし
  • Bonferroni
  • Holm step-down補正(Bonferroniと近い)
  • Sidak single-step
  • Sidak step-down
  • FDR-BH
  • FDR-BY
    
    • BonferroniとSidakについてはこちら
  • FDR-BHとFDR-BYとは、補正基準の厳しく仕方・緩め方に用いる関数・ルールの差。FCR-BHについては、こちらの記事も。