時間配分

  • 1 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え)
  • 2 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史(Out-of-Africa, Founder effect, Bottleneck)
  • 3 SNPのデータ構造とそのLD,HWD
  • 4 複合遺伝性疾患とその形質分類
  • 5 単一SNPの検定手法(2x3ケースコントロール、その他のカテゴリカル形質、量的形質、漸近近似手法・正確確率手法・パーミュテーション手法・尤度比手法、具体的な手法各論)
  • 6 GWAS(データQC問題と対処、マルチプルテスティング問題の影響と対処、集団構造化の影響と対処、Frequentist以外の判断(ベイズ・FDR))
  • 7 GWAS後(GWASスクリーニング後のこと。バリデーション・レプリケーション、メタアナリシス、異民族解析、ファインマッピング)
  • 8 リスク多型の機能性・因果関係評価(分子遺伝学的側面)
  • 9 SNP-LD mapping、上記ルーチンのその先(フェノタイプネットワーク、パスウェイ解析、遺伝子組み合わせ)
  • 10 CNV(データ構造と解析手法)
  • 11 結語

  • 1+2+3で2ユニット(3時間)
  • 4+5で2ユニット
  • 6+7で2ユニット
  • 8+9+10で2ユニット くらいか。
  • 1+2で4ユニット(6時間)
  • 3で2ユニット(3時間)
  • 4+5で2ユニット(3時間)
  • 6で1ユニット(1.5時間)
  • 7で1ユニット(1.5時間)
  • 8+9で2ユニット(3時間)
  • 10で1ユニット(1.5時間)

くらいのようだ。13ユニット。半年、週1こまくらいは必要。