2009-03-19

Rのimage関数を使って、簡単色グラデーション表示

R 行列連鎖不平衡

連鎖不平衡係数などの値を格納した、正方行列型の以下のようなテキストファイル、"hoge.txt"を作ったとする。
Ｒのimage()関数で、これをグレースケールで表したいとする。84段階表示なら

HOGE<-read.table(file="hoge.txt")
HOGEmatrix<-as.matrix(HOGE)
q<-84
image(1:nrow(HOGEmatrix),1:ncol(HOGEmatrix),HOGEmatrix,col=gray((q:0)/q))

色をつけるなら、rgbを使って、

redcolor<-rgb(red=1,(q:0)/q,(q:0)/q, names=paste("red",0:q,sep="."))

とすると、q=84=256/3なので、以下のように、"#xxyyzz"のxx部分が赤のff=256(16進数で、0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,a=10,b=11,c=12,d=13,e=14,f=15),緑成分のyyと青成分のzzが３つおきのグラデーションになった赤グラデーションスケールができるので、

> redcolor
    red.0     red.1     red.2     red.3     red.4     red.5     red.6 
"#FFFFFF" "#FFFCFC" "#FFF9F9" "#FFF6F6" "#FFF3F3" "#FFF0F0" "#FFEDED" 
    red.7     red.8     red.9    red.10    red.11    red.12    red.13 
"#FFEAEA" "#FFE7E7" "#FFE4E4" "#FFE1E1" "#FFDEDE" "#FFDBDB" "#FFD8D8" 
   red.14    red.15    red.16    red.17    red.18    red.19    red.20 
"#FFD5D5" "#FFD1D1" "#FFCECE" "#FFCBCB" "#FFC8C8" "#FFC5C5" "#FFC2C2" 
   red.21    red.22    red.23    red.24    red.25    red.26    red.27 
"#FFBFBF" "#FFBCBC" "#FFB9B9" "#FFB6B6" "#FFB3B3" "#FFB0B0" "#FFADAD" 
   red.28    red.29    red.30    red.31    red.32    red.33    red.34 
"#FFAAAA" "#FFA7A7" "#FFA4A4" "#FFA1A1" "#FF9E9E" "#FF9B9B" "#FF9898" 
   red.35    red.36    red.37    red.38    red.39    red.40    red.41 
"#FF9595" "#FF9292" "#FF8F8F" "#FF8C8C" "#FF8989" "#FF8686" "#FF8383" 
   red.42    red.43    red.44    red.45    red.46    red.47    red.48 
"#FF8080" "#FF7C7C" "#FF7979" "#FF7676" "#FF7373" "#FF7070" "#FF6D6D" 
   red.49    red.50    red.51    red.52    red.53    red.54    red.55 
"#FF6A6A" "#FF6767" "#FF6464" "#FF6161" "#FF5E5E" "#FF5B5B" "#FF5858" 
   red.56    red.57    red.58    red.59    red.60    red.61    red.62 
"#FF5555" "#FF5252" "#FF4F4F" "#FF4C4C" "#FF4949" "#FF4646" "#FF4343" 
   red.63    red.64    red.65    red.66    red.67    red.68    red.69 
"#FF4040" "#FF3D3D" "#FF3A3A" "#FF3737" "#FF3434" "#FF3131" "#FF2E2E" 
   red.70    red.71    red.72    red.73    red.74    red.75    red.76 
"#FF2A2A" "#FF2727" "#FF2424" "#FF2121" "#FF1E1E" "#FF1B1B" "#FF1818" 
   red.77    red.78    red.79    red.80    red.81    red.82    red.83 
"#FF1515" "#FF1212" "#FF0F0F" "#FF0C0C" "#FF0909" "#FF0606" "#FF0303" 
   red.84 
"#FF0000"

これを使って、

image(1:nrow(HOGEmatrix),1:ncol(HOGEmatrix),HOGEmatrix,col=redcolor)

としてもよい。
同様に、緑や青のグラデーションは

greencolor<-rgb((q:0)/q,green=1,(q:0)/q, names=paste("green",0:q,sep="."))
image(1:nrow(HOGEmatrix),1:ncol(HOGEmatrix),HOGEmatrix,col=greencolor)

bluecolor<-rgb((q:0)/q,(q:0)/q,blue=1, names=paste("blue",q:0,sep="."))
image(1:nrow(HOGEmatrix),1:ncol(HOGEmatrix),HOGEmatrix,col=bluecolor)

0.19999999999999998	0.6250000000000001	0.4000000000000001	0.4000000000000001	0.6250000000000001	0.4000000000000001	0.25	0.4000000000000001	0.4000000000000001	
0	0.025000000000000005	0.625	0.625	0.025000000000000005	0.625	0.0	0.10000000000000002	0.10000000000000002	
0	0	0.16666666666666666	0.16666666666666666	1.0	0.16666666666666666	0.42857142857142855	0.16666666666666666	0.16666666666666666	
0	0	0	0.3402777777777778	0.16666666666666666	1.0	0.12698412698412698	0.02777777777777777	0.3402777777777778	
0	0	0	0	0.16666666666666666	0.3402777777777778	0.12698412698412698	0.3402777777777778	0.3402777777777778	
0	0	0	0	0	0.16666666666666666	0.42857142857142855	0.16666666666666666	0.16666666666666666	
0	0	0	0	0	0	0.12698412698412698	0.02777777777777777	0.3402777777777778	
0	0	0	0	0	0	0	0.00793650793650794	0.6428571428571429	
0	0	0	0	0	0	0	0	0.02777777777777777	
0	0	0	0	0	0	0	0	0

ここに、続き。