Milestone 20

  • 20. DNA assembly programs
  • 次世代シークエンサーの時代となり、大量の短配列をアセンブルする必要が増している
  • アセンブルアルゴリズムの初代は、Phred, Phrap and Consed
  • Phredは実験出力に塩基を割り当て、Phrapは複数のPhred結果を併せて、Consedによって修正を受け付けさせた
  • 今は、Arachine, Atlas,PCAPなどが次世代シークエンサーデータのアセンブルを行っているが、それぞれが異なるアルゴリズムを用いている