相対値

• 時系列解析をするときの相対値について少し考えてみる
• 「時点ごと」、「プローブごと」、「検体ごと」に、「発現量」データが得られる。
• この「発現量」って何なんでしょう？
• 今、「時点間」の比較と「プローブ間」の比較をしたいです。
• 「複数検体」を用いるのは、
  • 「時点ごと」「プローブごと」の「集団」としての「推定値」を得るためです。
• では「時点ごと」「プローブごと」の「集団」の「発現量」の「推定値」は、どうやって求めればよいでしょうか？
• それは「絶対値」か「相対値」か。
• 「相対値」であるなら、「何を基準」にして「相対値」とするか？
  • 「基準」はハウスキーピング遺伝子の「発現量」でよいのでしょうか？
  • それとも「発現総量」がよいのでしょうか？
  • それとも、何か他の基準があるでしょうか？
• その基準は、「時点」のすべてにうまく当て嵌められて、すべての「プローブ」にも当て嵌められるものであることが求められそうです。
• そして、その基準は、時点について、「一定」であるか、もしくは、時点に関して何か意味のある「変化パターン」を取るか、のどちらかであるのがよいでしょう。
• 逆に言えば、「基準になる何か」を分母にして、すべての「発現量」を相対値にする、ということですが。
• この基準は「すべての解析」で同じであってもよいですし、「変えてもよいと思います」
  • 「総発現量」を基準に「組織特異的遺伝子群の総発現量」の割合の変化を追ってもよいかもしれません。
  • 「総発現量」を基準に、「分化時期」に特に相対的発現量が増えるプローブがあれば、それは、「分化」とリンクした遺伝子でしょう。
  • 「形態的・機能的な」分化が見える段階で相対的発現量が増えている遺伝子は、「分化の結果」で、分化が見える前の段階で相対的発現量が増えていて、分化が見える段階では発現しなくなるプローブは、「分化するプロセス」に関係する遺伝子かもしれません。
• ある特定の遺伝子に関して、複数のプローブがあれば、その相対比率の時間変化を追ってもよいかもしれません。
• そういう意味で、何を「基準」にするのか、と、時系列上の「イベント(上記では「分化」)」をどうとるのか、とを明快にして話をすると良いと思います。
  • たとえば、分化期というものがあれば
    • 「分化のはるか前」「分化直前」「分化中」「分化直後」「分化のはるか後」と時期を分け、

1<<2>3>>4,5

• • • みたいな順序をつけて、この順序との関連のよい「相対的発現量」を持つプローブを探す、というのは一つのやり方でしょう。