1細胞ゲノム解析
- 総説
- 「1細胞ゲノム解析」の手法の特徴を決める尺度
- 細胞をより分ける方法
- 処理細胞の数
- 解析対象となる遺伝子の数
- 検出に用いる技術
- 対象となる細胞・組織・条件
- 色々な手法
- FISH(mRNA fluorescent in situ hybridization)
- 処理細胞数:100
- 遺伝子数:3-4
- 技術:蛍光ラベルしたmRNA
- 条件など:固定組織・固定細胞
- Flow cytometry
- 処理細胞数:数千/時間
- 遺伝子数:~18
- 技術:細胞形状と発現タンパク認識抗体
- 条件など:生細胞、ばらばら
- Single cell qPCR
- 処理細胞数:1-100
- 遺伝子数:3^4
- 技術:qPCR, mRNA/DNA比
- 条件など:細胞は壊す、時間がかかる
- Multiplex qPCR
- 処理細胞数:数百-1000
- 遺伝子数:96
- 技術:qPCR, mRNA/DNA比,チップ
- 条件など:細胞は壊す、時間がかかる
- Sincle cell microarray
- 処理細胞数:1-10
- 遺伝子数:20000
- 技術:アレイ上オリゴプローブのハイブリ
- 条件など:細胞は壊す、non-coding region/alternative splicing variantsなども
- Single cell sequencing
- 処理細胞数:1-10
- 遺伝子数:20000
- 技術:並列シークエンシングとアセンブル、バーコード
- 条件など:細胞は壊す、non-coding region/alternative splicing variantsなども
- FISH(mRNA fluorescent in situ hybridization)