ネットワークのトポロジー解析

• こちらでgene go-expression network解析が紹介されていた(このスライドが一番わかりやすい)
• ネットワーク解析だ
• ノード間のエッジの重みにカットオフをかけて０，１にした上で、グラフのトポロジーを考えている
• 特徴的なグラフ、たとえば、複体グラフとかはこの解析にかけるとどんな具合になるだろう？
• 「ネットワークグラフがある」
• 「連結の具合を考えるのに、ノードの次数に着目する」
• 「ハブ」とか「次数分布」の特徴とかが決まる
• さて。
• 「複体グラフ」とかにすると、「特別なハブノード」があるというより、「グラフの連結」にあたって、「ハブ的なノードの集合」がある
• 生物多様性は「ハブノード」に依存するには、リスクが高いので、「ハブ的ノード集合」での連結をしている、という解釈はどうだろうか？
• そのように「ハブ的ノード集合」で考えるとしたら、どんな計量が適切になるだろうか？
• Rのパッケージ WGCNA(こちら)
• 人類遺伝学会ネタでもあった(こちら)