Sequence feature ontology

• 勉強会の関連話題(こちら)でGFFフォーマットのことが出た。
  • Sequence ontology:The Sequence Ontology, or SO, is an ontology suitable for describing biological sequences (Wikipedia)
    • Sequence ontology project
• GFFフォーマット:こちら
• GFF3フォーマット:こちら-GVFフォーマット:こちら
• R(Bioconductor)でgff(3)フォーマット:genomeIntervalsパッケージ
• ２書式
  • XML
  • タブ区切りテキスト
• GFF3はタブ区切りテキスト
  • ヒトも読めてコンピュータも読める(parseもしやすい、書き出しやすい)
  • オントロジーとの連結を考えるとテキストエディタ編集は大事→タブ区切りテキスト
• GVFはGFF3のこの利点を継承
  • ゲノム領域のオントロジー情報と多様性・多型情報を把持
  • GVF_examples(1)
  • GVF_examples(2)
  • GVF_examples(3)