2014-01-19 次世代シークエンサーを使ったデータ解析〜オミックス統計学入門2014 これは下書き!→こちらが本記事 次世代の扱いは、その確率的データハンドリングについての基礎をやる まずは、シークエンスしてバリアントを検出する流れをみる その後で、シークエンシングデータの「確率的」側面をやる それを扱うのに大きく2つの流れ 既存の「こうやろう」に乗ってやる:それはそれでよい。パラメタ設定はデフォルトで。 ただし、何を、どう切り捨てたりしているかの雰囲気は知っておくのが良いので、その背景をやる。通り一遍で何かが出なければ、よく立ち止まる、という話の展開にする 二項分布 尤度的考え方でシークエンスのスコアやマッピングのスコアがつくこと ベイズ的な考え方 バリアント検出については、8章の素朴編をやり、その上で、4章の「曖昧なんだよー」という話に広げるという流れ その上で、差の検定・RNAseq,ChIP-seqとは…という形で触れる