次世代シークエンサーを使ったデータ解析〜オミックス統計学入門2014

  • これは下書き!→こちらが本記事
  • 次世代の扱いは、その確率的データハンドリングについての基礎をやる
  • まずは、シークエンスしてバリアントを検出する流れをみる
  • その後で、シークエンシングデータの「確率的」側面をやる
  • それを扱うのに大きく2つの流れ
    • 既存の「こうやろう」に乗ってやる:それはそれでよい。パラメタ設定はデフォルトで。
    • ただし、何を、どう切り捨てたりしているかの雰囲気は知っておくのが良いので、その背景をやる。通り一遍で何かが出なければ、よく立ち止まる、という話の展開にする
      • 二項分布
      • 尤度的考え方でシークエンスのスコアやマッピングのスコアがつくこと
      • ベイズ的な考え方
      • バリアント検出については、8章の素朴編をやり、その上で、4章の「曖昧なんだよー」という話に広げるという流れ
  • その上で、差の検定・RNAseq,ChIP-seqとは…という形で触れる