2005-07-01から1ヶ月間の記事一覧

複雑な関係をグラフで表現する

関係のある事象はグラフにできる。グラフにすると、グラフ理論特有の分岐探索の方法などに応用が利く。参考になったのは、SOFT BANK社『C MAGAZINE 2005年2月号』の特集2 問題を図式化して解く グラフ理論入門C MAGAZINE 2005年2月号 引用 http://d.hatena.n…

PPHに用いられるGraph realization problemとは

参考 URL Graph realization 定義 Graph realization problem: "Given subsets P1,..Pn of {0,..,m-1}, find a tree T=(V,E) with E={0,..,m-1} such that every Pi is a path in T, or determine that no such tree exists. " 日本語訳(一部意訳) 0からm-1…

PPH

参照文献:Mary Ann Liebert, Inc. - Journal of Computational Biology - 10(3-4):323 論理説明に用いられる用語の定義 PPH問題(Perfect Phylogeny Haplotyping Problem) Unphased data(SNPのdiploid genotype data)が与えられたときに、そこから、「組換え…

Matthew Stephens - PHASE software for haplotype estimation-Phase unknownのdiploidデータからハプロタイプを推定する方法についての概説

主な参考文献 Haplotype inferenceのレビュー Algorithms for inferring haplotypes Tianhua Niu Genetic Epidemiology Volume 27, Issue 4 , Pages 334 - 347 Wiley InterScience :: Session Cookies その他の参考文献 MCMC(Markov Chain-Monte Carlo)no ti…