こちらで、多変数の相関係数行列を扱っている 相関係数行列として適当な行列とそうでない行列があるので、「適当な」とはどういうことかを考えてみる 多変数の変数の数がn個のとき、各変数がn次元空間上の単位ベクトルとして表せて、２変数間の相関は２変数…

少し古いけれど、目次が参考になる。 Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data作者: Michael R. Barnes出版社/メーカー: Wiley発売日: 2007/04/16メディア: ハードカバー クリック: 4回この商品を含むブ…

疾患をモデル化するときに、１人ゲームと２人ゲーム(とそれ以上の人数ゲーム)に分けるとする １人ゲームとは、個体が、何かしらの条件を満足したときには、何かが起きるようなもの。多因子が重畳して(一次積み重ね)何かにいたる、というようなものや、複数要…

こちらから 確率分布(Wiki) (Wiki) 分布をRで扱う(こちら) 分布の性質は、引数がいくつで決まるか(１つの引数で決まるもの、２つで決まるもの…) 個々の分布の特性は、こちらの右カラムにあるように以下の要素で決まる。この要素が何か、がわかれば、分布で何…

こちらからの話題 ある空間においてk種類の分子が空間に存在している 空間の位置はベクトルでとして表すとする 各分子の濃度は位置の関数としてで表す 分子ととが出会うと、確率にて分子とに変化すると言う 場合によってはとに変化する、さらに]ととに。 こ…

コンピュータで色をつけるときには、指定の方法があります。 ３原色の配合具合で作るRGB系(こちら)では、Red Green Blueのそれぞれに0,1,2,3,...,9,10=A,11=B,12=C,13=D,14=E,15=Fを対応させた16進数で2ケタ位の値(16^2=256通り(0,1,2,...,255))を与えて、配…

こちらでタンパク質の変性をグラフで表してみている タンパク質の変性の可逆性、元に戻しやすいかどうかが、グラフが保有する情報で表せるのではないか、と考えている。 さて、遺伝子解析でこれをどう活かすか 遺伝子がネットワークを構築している ある状態…

あるフェノタイプが遺伝因子と環境因子の和で決まるとする 掲載図の上段は100人について、遺伝因子と環境因子の和の大きさを示したものである 赤は遺伝因子、青は環境因子 下段左端は遺伝因子についてのヒストグラム 下段中央は環境因子についてのヒストグラ…

# (標本)平均 (sample) mean 標本の値を全部足して、標本の数で割る division of sum of all samples by the number of samples # 一般化する # １次モーメント 1st moment 標本の値の１乗を全部足して、標本の数で割る division of sum of (all samples)^1 …

こちらの続き 親と子とのジェノタイプが染色体上に並ぶマーカーについて知られている 隣接する２マーカーのディプロタイプは、第１、第２のマーカーのアレル数がとすれば、種類ある ある個人のこの隣接２マーカーのディプロタイプのペアの場合の数は、 今、…

0と1ばがりでできた分割表についてこちらに書いた 今日は、似ているけれど、ちょっと違う表データのこと サンプルが２群に分けられて、第１群、第２群、それぞれのサンプル数がA1、A2とする 観察項目がm個あって、それぞれの観察項目では、「あり」と「なし…

ある領域について、父親がPA,PB、母親がMA,MBを持つとする ２人の子 C1,C2がいて、その子はC1A,C1B,C2A,C2Bを持つとする C1とC2はこの領域に関してどのようなパターンがあるだろうか？ ２アレルとも、IBD: (diplo-)identical 片方がIBDで片方はIBDではない: …

N行M列の分割表があるとする とする とする はサンプル数でもある このとき、この分割表のピアソンのカイ二乗値は とも書ける これはとも書ける。疎な表(０が多い)ときはこの式は加算する項の数が少なくて便利 次のような分割表を対象とする 列の和はすべて…

昨日の続き NxMの分割表を考える すべてのサンプルについて、(サンプル数)x(N+M)の表にデータを格納することとする 行数がサンプル数 すべての行には２つの１が立っていて、他は０ N列のうちのいずれかに１が一つ、残りのM列のうちのいずれかに１が一つ、と…

ryamada本のR7-5.Rでは、固有値分解を実施している 固有値分解では、オリジナルの軸が説明する分散が10人並みなのに対して、固有値分解を施すことにより、説明する分散が大きい方から軸をとっている その図がこれだが そのようにして軸を取り直すことで、分…

こちらの続き 有限な２次元格子空間を考える 時間経過は離散的な世代進行とする 各格子の状態は２値（０か１）とする 次世代のある格子点の状態は、現世代のその格子点の状態か、その格子点と隣接する格子点との状態によって決まるものとする 次世代の状態が…

こちらから 個のハプロタイプが独立に遺伝的浮動するときには、アレル頻度がでが浮動する ハプロタイプが個の２アレル型多型（SNPのようなものもの、２アレル型=diallelic)でできているとき ハプロタイプの頻度は上記のとおり遺伝的浮動する この浮動は、ハ…

プレゼンテーションツールのpreziを使ってプレゼン資料を作る練習をしてみた 基本はこちらに書いた通り インターネットからダウンローダブルなテンプレートを使うことも考えたが、日本語版がないようなので、控えた preziの日本語フォントが今一つなのと、文…

距離の話がここにある 距離は２つのアイテムの間に定められている ハプロタイプの遠近関係を考える 変異によって「遠く」なるとし、変異はおきても、元に戻る変異が起きないとすれば、「距離」は、変異数＝異なる塩基箇所数が距離(ハミング距離) 交叉によっ…

海洋生物に関する遺伝的調査… どれだけ読むか不明… 生物海洋学入門 第2版 (KS自然科学書ピ-ス)作者: 關文威,長沼毅出版社/メーカー: 講談社発売日: 2005/02/09メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (1件) を見る …

STATISTICAL ANALYSIS IN HLA AND DISEASE ASSOCIATION STUDIES IMGT/HLA database (EMBL-EBI) HLA Region Genetics in Immune-Mediated Diseases Zhernakova A, van Diemen CC, Wijmenga C. Detecting shared pathogenesis from the shared genetics of imm…

こちらを見た 自分と異なる発想に触れると考えが広がるのでありがたい ２座位の場合 座位１のアレル数,座位２のアレル数 ハプロタイプ種類数 ディプロタイプ種類数(父由来(paternal),母由来(maternal)を区別する) vector,matrix,array。「平衡」状態は掛け算…