ケース・コントロールスタディ (患者、非患者) ｘ （要因あり、なし） --- title: "遺伝情報活用のための遺伝統計学" author: "ryamada" date: "2016年10月2日" output: html_document --- # 概論 遺伝的バリアントのリスクに関するデータを読み、それがもた…

目次 ローカスリスク 分割表 オッズ比・回帰係数 点推定・区間推定・ベイズ推定 家系におけるアレル保有率推定 他と比べる推定 マルチプルテスティング補正 棄却 FDR 進め方 典型例の提示 データのシミュレーション作成 検定・推定の実際 検定・推定結果の統…

オーム社さんが『遺伝統計学の基礎』PDF版を発売していた！(こちら)

こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 関連事項を調べながら、本のRのソースの中身を変えながら、読まれたそうだ 端的に言うと、「わかりにくい」ということだ 「わかった気にはなる」ともコメントされている それが意図だったから、最高の…

こちらに本の紹介記事がある 「読むべき理由」と題されていて、「べき」なのかどうか…とは思うけれども、「今更ながらに納得させられる」指摘・記述があったので、引用させていただくことにする 『目的・意義ベースの説明』をしている 確かにそうだった 『新…

関連記事 日程 第１限 20110629 概論・参加者紹介・内容枠決め スライド(こちら) 第２限 20110706 第３限 20110713 第４限 20110720 第５限 20110727

ラボローテーションという制度がある こちら 基礎医学研究者養成とリンクした制度 ６か月で「情報系医学」のなんたるかをとらえる？ ６か月で「遺伝統計学」「統計遺伝学」を理解する？ 医学の「（数理的）周辺領域」を開拓する姿勢を把握する？ さて。「遺…

群と表現 (理工系の基礎数学 9)作者: 吉川圭二出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 1996/10/18メディア: 単行本購入: 2人 クリック: 7回この商品を含むブログ (6件) を見る 序を読む 生物の仕組みを考えるとき、入り組んでいて面倒くさい 入り組んでいることの…

統計遺伝学の基礎と統計遺伝学以外の数理医学生物学への地ならしを数年がかりでやるとしたらどうするだろうか 教科書の選りすぐり。そしてその順序 - 医学科を卒業するときに、数理解析を念頭においた医学生物学を行う素地を作っておくために、計画を立てる…

長短いろいろな「お話し」の機会がある 数学寄りの小話のネタの備忘録 状態推移と推移行列 巡回すること 回転行列 特異値分解 複素数 増えたり減ったり 捕食・被捕食 Gating 量子化 拡散 拡散と指数関数 反応拡散系 ライフゲーム 漸化式 野球の得点 離散的取…

PDFはこちら 日本語資料 短くまとまっていて一瞬で読める ウェブサイトにありがちな、「(サイト内を)調べたけど、(そのサイトの)全体を眺めたかどうか確証が持てない」という不安がない「１文書完結型」

ここで同胞のIBDを計算している ヒトは2倍体なので、ペアを作る作業が多発する。 ペアを作るときにペアの構成要素が同じか違うかは、組み合わせを作るときに問題になる また、ペアを作ったときに、ペアの構成要素の順序を気にするかしないか、も問題になりう…

このブログからできた本に関して、前提知識として要求されている内容のリストとして、こちらによくまとめていただきました。 その通りだと思います。ありがとうございます。 あえて付け足すとすれば、グラフ理論もイメージが持てる方が良いかもしれません。 …

受講者に合わせて、下記の用意内容(全部は無理)の濃淡・取捨選択をする・・・(か？） 生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 スライド(予定) 京大集中講義での所要…

以下の本を頭から要点抜粋しているはてなのブログ（こちら）があります 筆者も参考にしています Ｒのコードの確認と、対応する用語・式などが簡潔に書かれています わかりにくい記述に苦労されている由のコメントもあり、決して「ぱらぱらめく」っていらっし…

生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 京大集中講義での所要時間の具合より、下記内容を仮に予定することとする(2010/09/18) ＨＷＥ から入って 多型 ランダムメ…

日ごろのテーマを対象者を変えて説明してみることも面白い 昨夏には、東大医科研にて高校１年生を対象にこんなことをやった(高校生向け 統計遺伝学) その内容を拡張しつつ、今年は、京大のジュニアキャンパスにセミナーの時間を取っていただいた(2010年9月25…

生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 内容(ドラフト) 京大集中講義での所要時間の具合より、下記内容を予定することとする(2010/09/18) ＨＷＥ から入って 多型 …

初歩からの集団遺伝学作者: 安田徳一出版社/メーカー: 裳華房発売日: 2007/12メディア: 単行本 クリック: 10回この商品を含むブログ (4件) を見る オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう作者: 鎌谷直之,早未恵理出版社/メーカー: 星の環会発…

１ 遺伝概論(遺伝・遺伝子・染色体・DNA・変異・多型・交差・組み換え) ２ 集団遺伝学概論(集団・中立・Infinite site model・遺伝的多様性の評価・変異率・組み換え率・有効集団サイズ・Coalescent・ARG・Fixation・集団構造化・HWE/HWD・LE/LD・選択・歴史…

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CNVジェノタイプデータ 関連検定 Heterogeneity検定 マン・ホイットニー・ウィルコクソン ２群わけ ロジスティック回帰 トレンド検定 HWE検定 ハンドアウト

分子遺伝学おさらい 多型と分子遺伝学・分子レベルのアレル特異性 関連と因果 スライド

バリデーション・レプリケーション 発端研究でのバリデーションセットの重み レプリケーションスタディのやりかた タイプ１エラーの評価 パワー 手法 メタアナリシス 異民族のこと 異民族スタディの意義、ＬＤ構造の違い 民族間リスク差の有無と解釈 その場…

データＱＣ データＱＣはなぜ必要か データＱＣ総論 基本がわかれば、後は、応用 マルチプルテスティング 概論 対処法 集団構造化 概論 対処法 ＳＮＰひとしなみ ＳＮＰ個別 サンプル層別化 Non-frequentist FDR ベイズ〜マルチプルテスティング対応 特にサ…

検定の分類 漸近近似 漸近近似検定 尤度比検定 正確検定 2x3分割表検定の諸相 自由度２検定 自由度１検定 Biased 検定 ロジスティック回帰 カテゴリカル形質、順序なし、順序あり Kruskal-Wallis, Jonckheere-Terpstra ロジスティック回帰 量的形質 線形回帰…

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SNP diallelic 数に関すること No. SNPs ns No. haplotypes nh, No. genotypes, phased, ngp, Homozygous types Heterozygous types No. genotypes, unphased, ngu, LD/LE ハプロタイプ頻度とＳＮＰアレル頻度との間の独立性 Diplotype アレルのペア HWE/HWD…

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