Rmd Rで乱数発生とシミュレーション作者: ryamada発売日: 2016/07/22メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "RandomValues and Simulation" author: "ryamada" date: "2016年7月23日" output: html_document --- # Generate Rando…

Rの初心者だけれど、「もう大人」なので、なんとか使えるようになろうという意識は高い人には、「つまらない」例ではなくて、少々わかりにくくても、「できるといいな」という例がよい こちらのJuly15-の週の" Click to download today's text File " こんな…

一卵性双生児は本当によく似ている。「前からも後ろからもクリソツ」だ、と言う。でも「性格は違うんですよ」とも。 身体表現型の遺伝的制御は頑健で、精神表現型(脳神経ネットワーク)はそうでもない、ということだろう モデルとしてはどんな風に考える？ 一…

こちらの2013/01/15の記事でSimRareを用いたシミュレーション・解析手法比較の実習をやっている SimRare(文献)ではどんなモデルを想定してバリエーションを生成しているのだろうか こちらがSimRareのサイト チュートリアルの"Generation of variant data(こ…

沢山のマーカーについて沢山のサンプルで定量的データが取られる サンプルをマーカー次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする 同様に、マーカーをサンプル次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする その心は、マーカ…

8. たくさんの家系データを作る # 繰り返し回数 Niter<-10 sim.Gs.list<-list() for(i in 1:Niter){ sim.Gs.list[[i]]<-Simulate.Genotype.Multi(M.cousins,NaS.list,PaS.list,Dg.list) }

7. 複数の染色体に広げる sim.Gを染色体本数分作る # 染色体ごとにNaS,PaS,Dgを作る # ここでは簡単のために、すべて同じものとする num.Chromosomes<-22 NaS.list<-list() PaS.list<-list() Dg.list<-list() for(i in 1:num.Chromosomes){ NaS.list[[i]]<-N…

3. 組換え体を作る 同一の染色体上に複数の多型があるときに、伝達にあたって、多型間で組換えがおきるかどうかを考慮した上で、同一染色体上のアレルはまとまって(ハプロタイプとして)伝達される 組換えが起きるかどうかは確率的であるので、その起きやすさ…

2. 関数にする 同じ処理を繰り返し使うときには、関数にする 関数は、次の３つからなる 入力 計算 出力 連鎖平衡にあるマーカーの組み合わせハプロタイプを作る 「連鎖平衡」 マーカーがDNA上で十分に遠い→組合せをランダムに作ってよい # 入力はマーカーの…

6. 家系図の情報を使って、ジェノタイプを作る 両親の不明な個人のジェノタイプは、HWEを仮定したMake.Haplotype()関数を使う 両親がわかっている個人のジェノタイプは、MakeOffspring()関数を使う 親子関係行列を作るときに、子のIDが親のIDより大きいよう…

5. 家系図を扱う 家系図のルール 両親がいて、子が生まれる すべての個人をつなぐ つながれていない個人の間には、個人を挿入する すべての個人の親の持ち方は以下のいずれか (1)両親がともにいる (2)両親ともにいない (3)片親のみがいる 個人に番号を付ける…

0.1 ペアを組んでやる 完全初心者とそうでない者とでペアを組む どちらもメリットがある 教えられるメリットと教えるメリット 0.2 Rを使う 自分のパソコンにRを入れておく(入れてもらっておく) Rの外部からデータを読み込んだり、外部にデータを書き出したり…

4. 両親のジェノタイプから子のジェノタイプを作る # 父・母のジェノタイプをランダムに作る father<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) mother<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) father mother # 配偶子を作る father.gamates<-Rec.Haplotype(father[1,],father[2,],Dg) m…

1. アレル、ジェノタイプ アレルとアレル頻度 # あるマーカー # アレルの数 Na<-4 # アレル頻度 Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Pa<-c(3,2,1,4)のようにして、あとで頻度の和が１になるようにしてもよい # 念のため、アレル頻度の和が１になるように補正する Pa<-…

こちらの突貫セミナー 目的 Rは本当の初心者(インストールを終えただけ)が対象 特定の血縁関係のジェノタイプデータを作ること 技量ではなく、実をとる(とにかくデータが作りたい) 目次 0. 準備 1. アレル、ハプロタイプ 2. 組換え体を作る 2. 両親のジェノ…

Brief comments in English. ############### ### 1 ############### # When we have one marker # No. alleles Na<-4 # Allele frequency vector Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Sum of allele frequency should be 1. Pa<-Pa/sum(Pa) ############### ### 2 ###…

こちら 雑なつくりなので、関数が書き込まれている範囲をよく調べてから使うこと。

先日、FDRに関する記事を書き、そこで、BH法とAdaptive BH法とBY法をシミュレーションで比較する記事を引用した(日記はこちら)。その中に、正規分布に従うデータセットを複数作成し、セット同士が一定の相関を持たせる必要があり、そのメソッドの記載があっ…

モンテカルロシミュレーションのプログラムを走り書きしていると、つい、乱数発生のところで、Math.random()を使ってしまう。seedを与えて、再現性を持たせるために必要なことは、擬似乱数列generatorを入れることと、そのgeneratorにseedを引数として与える…

このページは、脈絡のないメモ。とりあえず、いつものように、ウェブでサイトを集めてみる 基本的なソースとともに、教科書的な順行性記載のページ 分岐が深そうなサイト 日本語プログラム言語「ひまわり」を用いたシミュレータのダウンロードサイト 数式が…

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

繁殖モデルの１つ 有限個体数集団 Diploid集団を扱う 世代のオーバーラップなし 集団個体数は一定(N) Random matingとHardy-Weinberg平衡 次世代diploid個体の作成 親世代染色体数 2N のプールから２染色体をランダムサンプリングして１個体としそれをＮ回繰…

まずは、既存の設定をなぞる。ひとつは以前書いた、Yang et al. の設定が参考になる(こちら)。もうひとつはここ数日ARG関係で引いている論文の設定である。関連記事はこちら。本記事では、こちらのパラメタ設定を記す。論文中には明示していないが、ARG作成…

グラフ理論系 GISシステム関係 ネットワーク・社会系 ベイズ Rのパッケージ deal

！！書きかけ！！ 参考文献 Models in Population Genetics, in Chapter 1 "Genetic and Statistical Background",Principles of Population Genetics ed. by D.L. Hartl and A.G. Clark Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G…