シミュレーション

乱数とシミュレーション

Rmd Rで乱数発生とシミュレーション作者: ryamada発売日: 2016/07/22メディア: Kindle版この商品を含むブログ (1件) を見る --- title: "RandomValues and Simulation" author: "ryamada" date: "2016年7月23日" output: html_document --- # Generate Rando…

即効データシミュレーション実習

Rの初心者だけれど、「もう大人」なので、なんとか使えるようになろうという意識は高い人には、「つまらない」例ではなくて、少々わかりにくくても、「できるといいな」という例がよい こちらのJuly15-の週の" Click to download today's text File " こんな…

そっくりな双子の違い

一卵性双生児は本当によく似ている。「前からも後ろからもクリソツ」だ、と言う。でも「性格は違うんですよ」とも。 身体表現型の遺伝的制御は頑健で、精神表現型(脳神経ネットワーク)はそうでもない、ということだろう モデルとしてはどんな風に考える? 一…

SimRare

こちらの2013/01/15の記事でSimRareを用いたシミュレーション・解析手法比較の実習をやっている SimRare(文献)ではどんなモデルを想定してバリエーションを生成しているのだろうか こちらがSimRareのサイト チュートリアルの"Generation of variant data(こ…

サンプルのクラスタリングとマーカーのクラスタリング

沢山のマーカーについて沢山のサンプルで定量的データが取られる サンプルをマーカー次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする 同様に、マーカーをサンプル次元の空間に配置すると、「のたくった雲」のようになるとする その心は、マーカ…

家系データをシミュレーションで作る8

8. たくさんの家系データを作る # 繰り返し回数 Niter<-10 sim.Gs.list<-list() for(i in 1:Niter){ sim.Gs.list[[i]]<-Simulate.Genotype.Multi(M.cousins,NaS.list,PaS.list,Dg.list) }

家系データをシミュレーションで作る7

7. 複数の染色体に広げる sim.Gを染色体本数分作る # 染色体ごとにNaS,PaS,Dgを作る # ここでは簡単のために、すべて同じものとする num.Chromosomes<-22 NaS.list<-list() PaS.list<-list() Dg.list<-list() for(i in 1:num.Chromosomes){ NaS.list[[i]]<-N…

家系データをシミュレーションで作る3

3. 組換え体を作る 同一の染色体上に複数の多型があるときに、伝達にあたって、多型間で組換えがおきるかどうかを考慮した上で、同一染色体上のアレルはまとまって(ハプロタイプとして)伝達される 組換えが起きるかどうかは確率的であるので、その起きやすさ…

家系データをシミュレーションで作る2

2. 関数にする 同じ処理を繰り返し使うときには、関数にする 関数は、次の3つからなる 入力 計算 出力 連鎖平衡にあるマーカーの組み合わせハプロタイプを作る 「連鎖平衡」 マーカーがDNA上で十分に遠い→組合せをランダムに作ってよい # 入力はマーカーの…

家系データをシミュレーションで作る6

6. 家系図の情報を使って、ジェノタイプを作る 両親の不明な個人のジェノタイプは、HWEを仮定したMake.Haplotype()関数を使う 両親がわかっている個人のジェノタイプは、MakeOffspring()関数を使う 親子関係行列を作るときに、子のIDが親のIDより大きいよう…

家系データをシミュレーションで作る5

5. 家系図を扱う 家系図のルール 両親がいて、子が生まれる すべての個人をつなぐ つながれていない個人の間には、個人を挿入する すべての個人の親の持ち方は以下のいずれか (1)両親がともにいる (2)両親ともにいない (3)片親のみがいる 個人に番号を付ける…

家系データをシミュレーションで作る0

0.1 ペアを組んでやる 完全初心者とそうでない者とでペアを組む どちらもメリットがある 教えられるメリットと教えるメリット 0.2 Rを使う 自分のパソコンにRを入れておく(入れてもらっておく) Rの外部からデータを読み込んだり、外部にデータを書き出したり…

家系データをシミュレーションで作る4

4. 両親のジェノタイプから子のジェノタイプを作る # 父・母のジェノタイプをランダムに作る father<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) mother<-MakeHaplotype(NaS,PaS,2) father mother # 配偶子を作る father.gamates<-Rec.Haplotype(father[1,],father[2,],Dg) m…

家系データをシミュレーションで作る1

1. アレル、ジェノタイプ アレルとアレル頻度 # あるマーカー # アレルの数 Na<-4 # アレル頻度 Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Pa<-c(3,2,1,4)のようにして、あとで頻度の和が1になるようにしてもよい # 念のため、アレル頻度の和が1になるように補正する Pa<-…

家系データをシミュレーションで作る

こちらの突貫セミナー 目的 Rは本当の初心者(インストールを終えただけ)が対象 特定の血縁関係のジェノタイプデータを作ること 技量ではなく、実をとる(とにかくデータが作りたい) 目次 0. 準備 1. アレル、ハプロタイプ 2. 組換え体を作る 2. 両親のジェノ…

Simulate genotype data of family

Brief comments in English. ############### ### 1 ############### # When we have one marker # No. alleles Na<-4 # Allele frequency vector Pa<-c(0.3,0.2,0.1,0.4) # Sum of allele frequency should be 1. Pa<-Pa/sum(Pa) ############### ### 2 ###…

HWEなSNPジェノタイプデータの簡易シミュレーションエクセル

こちら 雑なつくりなので、関数が書き込まれている範囲をよく調べてから使うこと。

コレスキー分解

先日、FDRに関する記事を書き、そこで、BH法とAdaptive BH法とBY法をシミュレーションで比較する記事を引用した(日記はこちら)。その中に、正規分布に従うデータセットを複数作成し、セット同士が一定の相関を持たせる必要があり、そのメソッドの記載があっ…

擬似乱数列

モンテカルロシミュレーションのプログラムを走り書きしていると、つい、乱数発生のところで、Math.random()を使ってしまう。seedを与えて、再現性を持たせるために必要なことは、擬似乱数列generatorを入れることと、そのgeneratorにseedを引数として与える…

拡散方程式

このページは、脈絡のないメモ。とりあえず、いつものように、ウェブでサイトを集めてみる 基本的なソースとともに、教科書的な順行性記載のページ 分岐が深そうなサイト 日本語プログラム言語「ひまわり」を用いたシミュレータのダウンロードサイト 数式が…

WF_ARGアプリケーション解説

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

Wright-Fisherモデル

繁殖モデルの1つ 有限個体数集団 Diploid集団を扱う 世代のオーバーラップなし 集団個体数は一定(N) Random matingとHardy-Weinberg平衡 次世代diploid個体の作成 親世代染色体数 2N のプールから2染色体をランダムサンプリングして1個体としそれをN回繰…

ARGをシミュレーションで作成する

まずは、既存の設定をなぞる。ひとつは以前書いた、Yang et al. の設定が参考になる(こちら)。もうひとつはここ数日ARG関係で引いている論文の設定である。関連記事はこちら。本記事では、こちらのパラメタ設定を記す。論文中には明示していないが、ARG作成…

処理用パッケージやツール

グラフ理論系 GISシステム関係 ネットワーク・社会系 ベイズ Rのパッケージ deal

因子

!!書きかけ!! 参考文献 Models in Population Genetics, in Chapter 1 "Genetic and Statistical Background",Principles of Population Genetics ed. by D.L. Hartl and A.G. Clark Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G…