Human Genome Epidemiology Network (HuGENet) ガイドライン 報告の標準化(そんなに新奇性はないけれど…) 22項目 1.1 Title and abstract 2 Introduction 2.2 Background/rationale 2.3Objectives 3Methods 3.4 Study design 3.5 Setting 3.6 Participants 3…

時系列解析MemCalc百問百答のサイト(こちら) その中でとりあえず読むのはここ その本化 最大エントロピー法による時系列解析―Memcalcの理論と実際作者: 常盤野和男,田中幸雄,大友詔雄出版社/メーカー: 北海道大学図書刊行会発売日: 2003/02メディア: 単行本 …

代数 遺伝は有限体(ガロア体) そこでの演算 それは、遺伝代数と言われる(２０世紀半ばもしくはそれ以前からある) 体は基本的には「均質」 体上の分布、その偏りに興味がある 体があるとき、そこには、「関数の体」もある 体と言えばこちらにも関連記事

先日、文学部唯野教授の読後感を書いた(こちら)。 唯野教授の中には、シニフィアン・シニフィエとかが出てくる。これは、こちらにもあるとおり、構造主義の話しでした。 ナヴィエ-ストークス方程式と粘性流体のことから、ベクトル解析のことをさらっていて(…

数学ガール/ゲーデルの不完全性定理 (数学ガールシリーズ 3)作者: 結城浩出版社/メーカー: SBクリエイティブ発売日: 2009/10/24メディア: 単行本購入: 37人 クリック: 930回この商品を含むブログ (149件) を見る ゲーデルの不完全性定理を扱っている 「原始…

ナヴィエ‐ストークス方程式の数理作者: 岡本久出版社/メーカー: 東京大学出版会発売日: 2009/06/01メディア: 単行本 クリック: 8回この商品を含むブログ (3件) を見る 理想気体・・・熱力学 低温における挙動・・・統計力学 流体 非圧縮性粘性流体 ナヴィエ-…

ランダムウォークとくりこみ群―確率論から数理物理学へ (新しい解析学の流れ)作者: 服部哲弥出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2004/08/10メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (4件) を見る ランダムウォーク・Self-avoiding walk…

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析作者: 樋口千洋出版社/メーカー: オーム社発売日: 2009/02メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 35回この商品を含むブログ (12件) を見る オミックス関連のオープンソースを広く紹介するととも…

シミュレーションで臨床情報とＳＮＰ多型データを作って、それを、「木」にしてみる package "sphere"が必要(こちら) RegularSpherize2<- function (O = matrix(round(runif(2 * 3) * 100, 0), 2, 3)) { EandM <- tableExpAndMarginals(O) N <- length(O[, 1…

昨日関節リウマチ(RA)の新診断基準スコアの概説をした。 それに沿って、７項目の情報を取ることにする ############# # PはRA診断基準の情報 # P[,1]は腫脹大関節数 # P[,2]は腫脹小関節数 # P[,3]はリウマトイド因子(陰性:0,陽性:1,強陽性:2) # P[,4]はACPA…

関節リウマチという病気がある。関節の炎症性破壊を特徴とする疾患であり、遺伝因子の関与のある複合遺伝性疾患である。 その関節リウマチの診断基準として、新しいものが提唱されている。基準構造は少々込み入っている。 原典にあたっておらず、日本内科学…

日ごろのテーマを対象者を変えて説明してみることも面白い 昨夏には、東大医科研にて高校１年生を対象にこんなことをやった(高校生向け 統計遺伝学) その内容を拡張しつつ、今年は、京大のジュニアキャンパスにセミナーの時間を取っていただいた(2010年9月25…

こちらはリンク切れ 目次のページ 前篇(カプラン・マイヤー法とログランク検定，人年法について) 中篇(Cox 回帰分析について) 後篇(競合リスクや再発事象に関する解析方法について) library(survival) # survdiff(Surv(時間変数, イベント変数) ~ 群変数, デ…

まず、正規の理論とは別に、イメージを描く 結び目・絡み目 Wikipedia 結び目・絡み目は、円を３次元空間に埋め込んだときにできる(こともある) 高次元結び目は、n-次元球をm-次元空間に埋め込んだときにできる(こともある)( 結び目・絡み目の「意味」 n-次…

生命情報工学研究センター 生命情報科学人材養成コンソーシアム 遺伝医学 開講日：2010年10月 29日（金） 開催時間：10：30〜17：00 内容(ドラフト) 京大集中講義での所要時間の具合より、下記内容を予定することとする(2010/09/18) ＨＷＥ から入って 多型 …

こんな本が出てると友人に教えてもらいました。 まだ全く中身を見ていません。Applied Statistical Genetics with R: For Population-based Association Studies (Use R!)作者: Andrea S. Foulkes出版社/メーカー: Springer New York発売日: 2009/05/06メデ…

第II部 基礎を超えて 基礎を超えてしまっているので、駆け足ではちょっと無理。ぱらぱらめくって構成を知ることにします 第７章 有限Fourier解析 1のb乗根とその周期性を利用する() これを利用して関数を展開した表現がFourier級数 のこぎり関数とDedekind和…

魔方陣と半魔方陣 魔方陣はが縦・横・対角線の和が同じになるようににならべられたもの 半魔方陣は非負整数成分を並べて、行・列の和が等しいもの 半魔方陣の制約は多面体とその格子点に対応させることができて、その場合の数は、多項式で表せる Birkhoff-vo…

多面体pのk次元面の数 Eulerの関係式

有理凸多面体について、が成り立つ 内部格子点の数え上げは「閉包」の格子点の数え上げと同等

任意の凸多面体は新たな頂点を加えずに三角形分割できる 三角形分割とは、共通面のみで接する(重なる)ようなd-単体(これが三角形のようなもの)の集合に分けること。２次元での三角形分割の多次元一般化。 尖状錐(pointed cone) 尖状錐とは、ある点とそこから…

母関数 無限数列を係数に持つ関数 フィボナッチ数列(こちらから、Sequence ID = A000045)の母関数は 等比級数()のそれは 上記、母関数の導出には部分分数分解を使った 部分分数分解 は多項式の次数が未満のときに と分解されることを言う Frobeniusの硬貨交…

離散体積計算による組合せ数学入門 (Undergraduate Texts in Mathematics)作者: M．ベック,S．ロビンス,岡本吉央出版社/メーカー: シュプリンガー・ジャパン株式会社発売日: 2010/07/04メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 66回この商品を含むブログ (2件) …

凸多面体 頂点記述(頂点座標を与える記述) 頂点を与えれば、,,として与えられる凸多面体 超平面記述(囲んでいる超平面を与える記述) ,,として与えるのは、超平面記述の1つ 超平面はとして与えられる。の場合はを法線ベクトルとする(に垂直な)面になる d-多面…

脱日常をして時間の使い方を変えると、いつもと全然違うことを考える 著者の筒井康隆氏が『文学部唯野教授』執筆のいきさつを大江健三郎氏からの書籍紹介による、との話しを最近どこかで読んだ 文学部唯野教授 (岩波現代文庫―文芸)作者: 筒井康隆出版社/メー…

GEEについての部分だけ抜き書き generalized estimating equation (GEE) 参考資料(こちら) Wiki記事(こちら) SASに一部実装したものがあるらしい Rにふたつのパッケージ geepack gee 結構、疎な分割表で重宝

Joint Statistical Meeting 2010 @ Vancouverの講義(2010/08/02)(主なセッションはこちら) Analysis of Ordinal Categorical Data 種本 Analysis of Ordinal Categorical Data (Wiley Series in Probability and Statistics)作者: Alan Agresti出版社/メーカ…

熱学思想の史的展開〈1〉熱とエントロピー (ちくま学芸文庫)作者: 山本義隆出版社/メーカー: 筑摩書房発売日: 2008/12/10メディア: 文庫購入: 2人 クリック: 28回この商品を含むブログ (23件) を見る 「熱とはエネルギーの移動の一形態」「温度とは理想的熱…

夏真っ盛りに涼しいバンクーバーで学会です。 学会公式サイトはこちら 初めての参加なので、勝手がわかりませんが、プログラムを広げると想像以上にゲノム・遺伝学関係のトピックが多いです。データの量に比例して統計解析をしている人がセッションを立てて…