リテラシー
こんな企画があってこのブログが載っていたと教えていただきました 「遺伝学・遺伝統計学の研究メモ」という説明がされていました。散漫な内容なので、それ以上の説明はなし、でした ちなみに、ノミネートにdeveloped byと書かれているけれど、このサイト、…
薬学部の講義？ 資料(ウェブサイト) たとえば、このサイトが自由に使えるようにする？ テーマ：薬物治療・薬理効果に関する個体差と遺伝的多様性(総論) 個体差の捉え方 genotypeとphenotype 個体差の構成要素 ADME(レビュー) 人体の構造と機能と環境因(とオ…
「統計が弱いので教えてほしい」という依頼 全部で４時間 基礎医学から臨床医学までの雑多な大学院生と教官の集まり 「予習課題を出してもいいですか？自分はどんなデータをもっていて、それについて、解析してみることを課題にしておきましょう」と言ったら…
勉強会の関連話題(こちら)でGFFフォーマットのことが出た。 Sequence ontology:The Sequence Ontology, or SO, is an ontology suitable for describing biological sequences (Wikipedia) Sequence ontology project GFFフォーマット:こちら GFF3フォーマッ…
昨日死因統計を取るために死因に関するカスケード情報から「死の起因」を引き出す話を書いた ルールなので、文字列情報の計算機処理に落とせてなんぼだろう 一般原則 起因は下の行に記載されている この実装は簡単 ルール１ 複数の疾患が１行に収まっている…
こんなニュースがありました 死因の記載が不正確(で医療政策もままならない？)という内容です 臨床データマイニングがいかにチャレンジングかがわかります 臨床データの中でもっとも重要な情報として「死因」をどう扱うかに関して、今さらながら、復習してみ…
Genetic RIsk Prediction Studies (GRIPS) に関するワークショップ報告 Strengthening the Reporting of Genetic Risk Prediction Studies: The GRIPS Statement 少し古くなりましたが遺伝的リスク予測に関する研究の報告のときの要点に関するPLoSMedicineの…
こちらに『私がたどりついた英語論文の読み方』というとてもよい記事がある。これをまねて、データ解析手法の読み方について書いてみる 目的 ２通り 解析したいデータを出してくる実験が決まっている 実験は決まっていないけれども解析のやり方に興味がある …
昨日は「責任」がキーワードだった ブログだから、「責任」よりは「ドラえもんのポケット」の方がよいかもしれない 『ドラえもんのポケット』： "...キジマさんが心を動かされた瞬間がわかるのです。「あ、いいな」と思ったものを、その瞬間にコレクションし…
こちらで「専門家」について書いている 書いたもののうち、その書きものの中で合理的に納得いかせられないけれども、その書きものを読んで納得する必要のあるものはreferenceを引いておくこと、というルールでreferenceは引いてある。 なので、referenceと言…
レジデント初期研修用資料 内科診療ヒントブック 改訂2版作者: medtoolz出版社/メーカー: オーム社発売日: 2012/11/23メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 32回この商品を含むブログ (2件) を見る こちらとこちらは大変ためになる(他の記事…
毎年、秋にジュニアキャンパスと言うのがある＠京大(こちら) 2013年度はどうする？(こちらで内容を適宜アップデート(予定)) パーソナライズド・メディシンの基礎となるかもしれない、「確率的な情報提供」のfeasibilityを中学生と考えてみる？ 診断結果・治…
こちらで、疾患という表現型を医学部教育でどのように学ぶかについて考えている 表現型が重層的・相互連携的にできているときに、そのどの段階・どの部分・どの関係性と、遺伝要因(こちらの設定も問題になるのだが…)が関係するのかを設定することが、遺伝統…
医学部教育の一環として、「医学教育を受けた、研究者」の養成支援というのがある(こちら) その合宿で、「自分が研究職に就くに至った経緯」を話すことになった(こちら) せっかくなので、記憶を辿って、「どうして、今、こんなことをやっているのか」の種が…
こちらの続き 「Aである」という情報は「A'ではない」という情報を含むことがある 「Xの色が赤である」という情報は「Xの色は青ではなかった」という情報を含んでいる 診察における、症状・兆候の取得と記載においては、「主訴」→「主訴についての臨床行為を…
こちらの続き 今、あるpが与えられたときに、Qの要素q1,...,qnのそれぞれに対して、値が算出できるとする これまでの考え方から言えば、pはある症候であって、Qは診断名の集合、qiは個々の診断名であり、p、Qはグラフ状の知識体系として表現してあり、値はこ…
こちらの続き 言語情報ではない、画像で入力して、画像のまま記憶する知識もあるだろうという話になった たとえば解剖 Rではテキストマイニングのパッケージtmの中にある関数readPDF()を使うと、pdfファイルを読み込んでその文字情報とメタ情報を取り出すも…
もう少し進めよう 前の記事では、仮説を階層化して、群に分け、群内で、候補を落とすときには、群内の「仲間内の候補」で残留する候補に「ありやすさ」を引き継ぎ、群を越えたら「ありやすさ」を引き継がない、というやり口だった 「あり」か「なし」かの2者…
前の記事からの続き 前の記事で、仮説が群を成していた。階層化していた、ともいえる 臨床診断ではどうだろうか？ 症候Aがある 大きく分けて、B1部疾患であるかもしれないし、B2部疾患であるかもしれない B1部疾患は20疾患が鑑別に挙がる。B2部疾患は17疾患…
今日の記事の並び方 １ 候補が絞り込まれていくとき ２ 複数候補の好悪順序にルールを入れる ３ 複数候補が２群に属した上で、尺度に乗る ４ 仮説の階層化 ５ 仮説の遠近
前の記事からの続き 初めに、各選挙権者が候補者に好悪順をつけて、投票し、だんだんに候補者を絞ることを考えた 次に、１尺度での好悪の評価をした上で、投票し、だんだんに候補者を絞ることを考えた 候補者が２つの「群(政治なら政党)」に属した上で、ある…
前の記事からの続き 複数の候補はある尺度に関して順序をつけることができるとする そして選挙権者は候補者に対する好悪の程度がこの尺度上での距離によって決まるものとする このとき、どんな変化になるだろうか 選挙権者の意見の分布を描き、当選者の意見…
こちらで情報による意見の変化について考えた 世の中では、複数の候補者からの選出、というイベントがなされている。だれか１人の候補者が過半数を取ると決定する仕組みで、全候補者への投票ができる段階から、候補者の数が変更されていく。単純に上位２名の…
こちらの関係 ピアジェっぽく「段階」にしてみる？ 段階 用語獲得期 用語整理整頓期 用語の標準的組合せ例の集積期 標準的組合せ例からの連想組合せ拡大期 「その他もろもろ用カタログ」への詰め込み期 拡大した標準用語の組合せを「その他もろもろ用カタロ…
こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 関連事項を調べながら、本のRのソースの中身を変えながら、読まれたそうだ 端的に言うと、「わかりにくい」ということだ 「わかった気にはなる」ともコメントされている それが意図だったから、最高の…
こんなコメントを、このブログからできた本にいただいた 大量データ科学時代の「遺伝」学の解析を勉強するのに、どこから、どう攻めるのがよいかは、画一的なアプローチがない(と思う)ので、難しい ３大分野別では： 分子生物学・分子遺伝学それ自体が、かな…
ニコニコ動画というものがある テレビみたいなものとも言える 不特定な相手とのコミュニケーションのツールであり、マスコミ的な側面もあれば、ミニコミ的な側面もある ニコ動で講義を公開しているものはどれくらいあるのだろうと検索してみる と、それほど…
電子化された臨床情報（Electrical Health Record)を用いた研究(EHR-driven genomic research)についてはこちらを eMERGE グループ(米国 Venderbilt、BROADその他)のページはこちら マルチ施設のphenotype集約・登録用のウェブインターフェースについてはこ…
ゲノム疫学に携わるときに必要な基礎 (A)遺伝学に始まる、遺伝的多様性と形質多様性に関する理解 (B)オミックスに関する理解 (C)臨床医学の枠組みに関する理解 (D)疫学の理解 (E)疫学のための統計知識 (F)遺伝学のための統計知識 (G)オミックスのための統計…
Wikipediaには免責事項を書いたページがある(こちら) 以下の構成になっている 免責事項全般(免責に関する一般事項) リスクに関する免責事項 医療に関する免責事項 法律に関する免責事項 内容に関する免責事項 医療に関する免責事項には、「医療関係者からの…
