管理ファイルの存在・非存在ループ 第１プロセスは管理ファイルを作成する。このファイルは、オリジナル検定セットが終了してから作成する。このファイルが非存在の間は、空ループを回し、k-1プロセスは先へ進まない String dir="hogedir"; String regulatio…

参考にしたのは、こちらの記事 javaの１プロセスの中に複数のスレッドを立てたりして制御するには、こんな処理ももちろんあるわけだけれども、今は、複数のノードでの制御なので、Javaの外に制御用存在を置く 想定実行条件 （１）今、kxN回のパーミュテーシ…

パーミュテーションテスト 処理構成 オリジナル検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの実行 パーミュテーション試行による検定セットの結果とオリジナル検定セットのそれとを比較して、集計 並列化 処理の単位は、検定セットの実行 検定…

大きな処理があるとする。ほぼ同一な処理の繰り返しであるとする。それぞれの繰り返し処理単位は小さな出力を持つ。それぞれの繰り返し処理は、並列して行われる処理と、自身の処理との出力を単純に照合することで、継続するか否かの判断ができるとする。こ…

エクセルでトーマスプロット

おさらい、というほどの基礎知識もないけれど。 こちらを駆け足で

本ブログは開設(2005年春)以来、本日を含め、432日分になった。思いつくままに書き、書いたときに思い立った場合にのみ、ブログ内リンクを張ってきた。 本ブログは、本年度に一度、内容のエクスポート・インポートに失敗し、文書体裁・内容に重大な被害が生…

本ブログは、遺伝学・遺伝統計学に関する個人的なメモ。書いてあることには責任を持ち得ないものとして書いている。 こちらのWikiは、おおよそ、ブログの内容と重なりながら、それよりは内容に責任をもち、また、構成もある程度、維持し、探索しやすいことを…

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SNPは３ジェノタイプ、CNPはNg=３以上のジェノタイプがある SNPの検定手法ごとに対応する手法を右に示す ジェノタイプを順序なしカテゴリとする (1)２ｘ３分割表のカイ自乗検定・・・対応検定２ｘNg分割表カイ自乗検定 (2)その正確確率検定・・・その正確確…

公開アプリケーションはこちら SNPは３ジェノタイプ この３ジェノタイプは、それぞれがどんなリスクを持っているか、知れたものではない、という意味では、相互に順序できない３カテゴリともみなせる この３ジェノタイプは、２アリルのうちの片方に着目する…

傾向性の検定とは、カテゴリに順序をつけて、それに重み付けをし、その付与した重み付けの具合と一致しているかどうかと、すべてのカテゴリが平等であるかどうかと比較して、検定するものである フェノタイプ数が２の場合 SNPケース・コントロール関連解析に…

ひとつの分割表から関連についての情報はさまざまなとりかたがある 『どんな関連』について調べたいかによる『いろいろ』 あるひとつの『どんな関連』についても複数の検定結果が得られる、という意味でも『いろいろ』 フェノタイプ数Np、ジェノタイプ数Ngの…

すべてをばらばらに見る独立性検定 ジェノタイプに順序を想定することなく、フェノタイプにも順序を想定しない場合に行う検定 SNPの場合のヘテロのジェノタイプの疾患リスクがホモのジェノタイプのいずれよりもリスクが高い場合も、ヘテロのリスクがホモのリ…

ツールへのリンク 入出力フィールドは７個 実行ボタンは５個 入力フィールド６個 カテゴリカルデータの分割表に関する入力(３フィールド) No.genotypes:入力データの多型のジェノタイプ数 No.phenotypes:入力データのフェノタイプがカテゴリ型の場合、その数…

遺伝 遺伝するとは、複数の『個体』の間に存在する『血のつながり』が『個体』の『フェノタイプ』に『影響する』こと 簡単に言うと、遺伝子が伝達することと、形質が伝達すること 血のつながり ２つの関係 １つは、『個体』が作る、家系という関係 もう１つ…

遺伝子多型 DNA配列は、同一種内で異なる部分がある。それを多型という。集団中での割合を定義に持ち込むこともある 一塩基多型(SNP:Single Nucleotide Polymorphism) DNA配列のある塩基が異なるような多型。たいていの場合、A,T,G,Cの４種類のうち、２種類…

多型ジェノタイプ・形質間関連を解析する手法を了解するための覚書 学部生レベルからスタート・・・？？ 最後は、この記事の内容を了解して、この計算機(ベータ版・動作未確認・出力値の正しさも未検証)の出力を理解するところまでを目指す

Hardy-Weinberg平衡(HWE:Hardy Weinberg Equilibrium) ある集団において、メイティングがランダムであるとき、ディプロタイプが持つ、アリルの組合せは、集団のアリル頻度によってのみ決まると考えられる。ジェノタイプの頻度分布とアリルの頻度分布との関係…

アリル、アリル数(SNPのアリル数 NSa、CNPのアリル数NCa) SNPのアリル SNPのアリルはA,T,G,Cの４塩基のうちのどれかひとつをとる、とり方であるので、最大アリル数は４。 アリル数２であることが普通。実験データとしては、アリル数２のSNPのディプロタイプ …

SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

先日エクセルで線形回帰、という記事を書いた(こちら)。 その記事からリンクを張ったエクセルの計算をjavaにやらせたソースがこちら package StatUtilsX; public class LinearRegression { public int N; public double[] df; public double[] SumSq; public…

パスカルの三角形 パスカルの半平面(『数学する精神』著者のホームページのPDFはこちら) 小数点以上無限桁 P進数・・・素数qで割れる回数で２数間の距離を定義(Wikipedia) 「自然な拡張」数学する精神―正しさの創造、美しさの発見 (中公新書 1912)作者: 加藤…

“はかる”科学―計・測・量・謀…はかるをめぐる12話 (中公新書)作者: 阪上孝,後藤武出版社/メーカー: 中央公論新社発売日: 2007/10メディア: 新書購入: 3人 クリック: 47回この商品を含むブログ (16件) を見る印象的なこと 第４章 アフォーダンス 動いていると…

量的形質と遺伝子マーカー(SNP)との間の関係を検定するとする。 以前、正規分布近似ができない場合として、Jonckheereに関する記事を書いた(こちら)。 今回は、正規分布近似ができるものとする。対数変換によって、正規分布近似が可能となる場合も含める。概…

n次元空間格子を余すことなく探索したい。 ヒルベルト曲線は、そんな感じのステップである。 Wikipediのヒルベルト曲線のページには、描図が紹介されている。 そこで使われているアプリは tuga turtle。 とてもかわいい。 空間充填曲線とフラクタルはこちら…

ディプロイドのコピー数多型が染色体別に決定されたとして、観測サンプルのコピー数別アレル数を確定的に算出し、それをもとに期待度数を算出し、観測度数と比較してカイ自乗検定をする場合と、ディプロイドの保有コピー総数のみが観測されて、それに基づい…

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの２群で、このジェノタイプ分布に差があ…