昨日の記事の続き 論文はこちら 計算機代数統計的に尤度関数を解くのはこんな感じ 尤度関数は必ずしも凸ではなく、そうすると複数の極大値があり得る 探索すると最大値にたどり着き損ねるので、すべての微分０の点を列挙して それらを比較して最大値を得るこ…

2x2表をSingular でやってみよう x+y=p1,z+w=p2,x+z=q1,y+w=q2とする(p1,p2,q1,q2が周辺度数) ring p = 0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring x = 0,(x,y,z,w),lp; setring p; map f = x,p1*q1,p1*q2,p2*q1,p2*q2; ideal i0 = 0; setring x; preimage(p,f,i0); これは前…

2アレル多型が２つある。そのアレル頻度をそれぞれp1,p2,q1,q2とする 連鎖平衡の下での４ハプロタイプの頻度をh1,h2,h3,h4とする Singularを使ってやってみる ring p=0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring h=0,(h1,h2,h3,h4),lp; setring p; map f = h,p1*q1,p1*q2,p2*q…

こちらから 2アレル多型の２つのアレルの頻度をそれぞれp1,p2とする HWEの下での3ディプロタイプの頻度をg1,g2,g3とする の関係にある g1,g2,g3には制約関数があるが、それを代数アプリケーションSingularで求めてみる ring p = 0,(p1,p2),lp; ring g = 0,(g…

ソフトウェアのインストールが済んで、簡単なことができるようになったので、環を扱ってみよう > ring myring = 32003,(x,y,z),(dp,C); のように"myring"という名前の環を定義する 以下が定義の３要素 coefficients, names_of_ring_variables,ordering ring …

代数統計はデータの構造(グラフや群環体)に注目してデータを把握しようとします 便利なソフトウェアもあります 多項式、可換環論、計算機代数幾何。代数統計にとても便利だ、というSingularを使ってみる Singularのサイト ダウンロードはこちらのcygwinバー…