上記の論文(次世代シークエンサーを使ったゲノムとトランスクリプトームに関するNature論文で、本文は(articleだけれど)6ページ、メソッドを中心としたサプルが71ページという論文(こちら"Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variatio…

プレゼンスライド(こちら) Global analysis of genome, transcriptome and proteome reveals the response to aneuploidy in human cells 特殊な条件(aneuploidyなセルライン)にて３オミックス層の実験データを突き合わせてみる 用語 Aneuploidy 実験 Genomi…

GSEA(こちら,ペイパー) GSEA_変法 MA plot(こちら)

短いレビュー

DNAが転写されてmRNAができて、それが翻訳されてペプチド鎖になる Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome (Science express)(こちら)によれば、 ゲノム・トランスクリプトームの配列比較により、DNA-RNA配列に違う箇所が…

次世代forトランスクリプトームのアセンブルについては2011 Octでも Next-generation transcriptome assembly. Jeffrey A. Martin & Zhong Wang,p671 | doi:10.1038/nrg3068

発現解析に限定せず、グラフ可視化に転用しやすいとよいのだが・・・ すくなくともオープンソースで、Javaで、ネットワーク〜グラフで、可視化 こちら Javaソースをダウンロードして、解凍、その後、eclipseで適当な名称で、Javaプロジェクトを新規作成。プ…

SFP: single feature polymorphism トランスクリプトには１塩基分のトランスクリプト配列違いがあり、その成因はDNAレベルでのそれ＝ＳＮＰのほかに、プロセシングの仮定で発生するものがあり、それをSFPと呼ぶ。ペイパーで参考になるのは、Single-feature p…