Gephiというグラフ・ネットワーク用アプリを教えてもらった(こちら) Rのigraphパッケージからwrite.graph()関数を使ってgmlフォーマットで出力すれば乗せられる ５万ノード、50万エッジで描けるらしい 動的ネットワーク分析という用語もあるらしい グラフの…

日本人類遺伝学会での発表にこんなのもあった ゲノムワイドで何かしらの統計量が出せる ある基準でゲノム全体をいくつかに分割する(あまりはない、重複はない) 分割されてできる部分の大きさ(塩基数)は異なる 部分の大きさとその部分に計算される統計量との…

Weighted Gene Coexpression Network Analysisというのを使った発表があった サイトがこちら WCGNAパッケージ(R) Weighted newtork(Wiki記事)

医学部教育の一環として、「医学教育を受けた、研究者」の養成支援というのがある(こちら) その合宿で、「自分が研究職に就くに至った経緯」を話すことになった(こちら) せっかくなので、記憶を辿って、「どうして、今、こんなことをやっているのか」の種が…

あれか、これか、型の検査や情報というものを考える 「吐物の色が赤か茶色か」 「アレルがAかaか」 「光学異性体のD体かL体か」など その前に、検査学の復習をしておこう ある疾患の検査前事前確率がpであり、ある検査があって、その感度がu、特異度がv であ…

こちらのシリーズの補助メモ ある関数があって、その関数はa個の引数をとり、b個のスカラー値からなる値の組を返すとする 線形的な量は、スカラー、ベクトル、行列、それらを一般化したテンソル(Rではアレイ)(こちら) 何かを量的に評価したいときには、b=1個…

こちらの続き 「Aである」という情報は「A'ではない」という情報を含むことがある 「Xの色が赤である」という情報は「Xの色は青ではなかった」という情報を含んでいる 診察における、症状・兆候の取得と記載においては、「主訴」→「主訴についての臨床行為を…

こちらの続き 今、あるpが与えられたときに、Qの要素q1,...,qnのそれぞれに対して、値が算出できるとする これまでの考え方から言えば、pはある症候であって、Qは診断名の集合、qiは個々の診断名であり、p、Qはグラフ状の知識体系として表現してあり、値はこ…

こちらの続き 言語情報ではない、画像で入力して、画像のまま記憶する知識もあるだろうという話になった たとえば解剖 Rではテキストマイニングのパッケージtmの中にある関数readPDF()を使うと、pdfファイルを読み込んでその文字情報とメタ情報を取り出すも…

こちらでポアッソン回帰の話を聞いた メモ 日本語PPT English pdf R package "mseq"

今日の前の記事で紹介したSLE関係の話では、新規分類基準の性能を「ゴールドスタンダード診断」との正誤の程度として評価している Cohen's kappa(Wiki)を使っているらしい たまたま診断名が一致したのではなくて、「有意」に関連していますよ、という程度の…

こちらでCARTを用いたSLEの分類基準について書いた SLEのこと、分類基準のこと、その意義・使い方については熟知しているが、統計や機械学習のことには拒絶感の強い人々を対象にCARTの説明をしてみることにする そのためのCART周辺の整理 機械学習(Wiki) 『…