single-cell RNA-seq解析の手法論文を読むとき、何がハードルを上げているか、というと、「個別には理解できなくはないような、色々」を使って「総合芸術化」していることでしょうか いろいろな、データ処理のアイテムについて「この単語はだいたいこういう…

Survey and Summary, Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 資料１ Nature Reviews Genetics, Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 資料２

Nature Reviews Genetics, Computational and analytical challenges in single-cell transcriptomics 資料２ 定量標準を入れる UMI(Unique Molecular Identifilers):個々の分子をバーコード化し、増幅バイアス影響を排除した、「オリジナルの」分子数推定を…

Survey and Summary, Single-cell RNA-seq: advances and future challenges 資料１ 紙幅の多くは１細胞のRNAをきちんと回収し、きちんと読むこと、由来細胞をきちんと区別すること(バーコード・ラベル)など、リード産生プロセスに関すること Cell-to-cell v…

対象者の特徴 非生物選択が大多数 将来、分子遺伝学・分子生物学・遺伝学・疾患学を担うことになる 生化学・分子生物学・細胞生物学・薬理学・解剖学・組織学・発生学は別途、(先で)習う いわゆる臨床遺伝学も先で習う 疾患も先で習う さて、何に重点を置い…

paper(Addressin the Ethical Challenges of First-in-Human Trials) Evaluationg preclinical data PhaseI に入る前のデータ"preclinical data"は動物実験だし、clinical studyのような厳しい実験デザイン規定もなく、パブリケーションバイアスもあるなど、…

FDAがプレシジョン・メディシンを念頭に、シークエンシングのアラインメント・アルゴリズムのレビューをしました(その紹介記事、そのレポート) これをアラインメント・アルゴリズムの紹介記事と考えて、Short Readsのアラインメントがなんたるかがわかってい…

論文 QUIAGENのアプリのサイト Ingenuity(創意工夫) Pathway Analysis ４タイプのネットワークアルゴリズムの総合処理(それぞれを簡単に後述) Upstream Regulator Analysis(URA) Mechanistic Network(MN) Downstream Effects Analysis(DEA) Causal Network A…

信頼区間は知りたいが、計算式でだせるような単純なものでないとき、サンプルからリサンプリングすることで母集団の統計量の分布を推定するというやり方がある Rではbootパッケージがいろいろな関数を用意している まず、データセットがある。標本数がnで、p…