2011-12-01から1ヶ月間の記事一覧
Multinomial logitについてはこちら 対応するRのパッケージmlogitの説明記事はこちら そのパッケージがどうなっているかを覗いてみる # まずはインストール install.packages("mlogit") # パッケージを読み込んで library(mlogit) # ヘルプ記事を見る help(m…
The pleiotropic structure of the genotype–phenotype map: the evolvability of complex organisms. Günter P. Wagner & Jianzhi Zhang,p204 | doi:10.1038/nrg2949
５月号は遺伝子治療特集 ４月号は幹細胞特集
Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data. Rasmus Nielsen, Joshua S. Paul, Anders Albrechtsen & Yun S. Song,p443 | doi:10.1038/nrg2986 次世代シークエンサー ジェノタイピング・ソフトウェア SOAP2->SOAP3 realSFS Samtools GA…
次世代forトランスクリプトームのアセンブルについては2011 Octでも Next-generation transcriptome assembly. Jeffrey A. Martin & Zhong Wang,p671 | doi:10.1038/nrg3068
Using electronic health records to drive discovery in disease genomics. Isaac S. Kohane, p417 | doi:10.1038/nrg2999 EHR-driven genomic research(EDGR) Electronic health record(EHR) 支える資源や技術 Biorepositories Natural language processin…
Epigenome-wide association studies for common human diseases. Vardhman K. Rakyan, Thomas A. Down, David J. Balding & Stephan Beck, p529 | doi:10.1038/nrg3000 DNAメチル化状態の分類 MVP:Methylation variable position DMR:Differentially methla…
New approaches to disease mapping in admixed populations. Michael F. Seldin, Bogdan Pasaniuc & Alkes L. Price,p523 | doi:10.1038/nrg3002 Local Ancestry: 染色体の部分ごとに、異なる祖先に紐づいているとみなす(Ancestry-informative markers) ANC…
結果のインパクト Assessing and managing risk when sharing aggregate genetic variant data. David W. Craig, Robert M. Goor, Zhenyuan Wang, Justin Paschall, Jim Ostell, Michael Feolo, Stephen T. Sherry & Teri A. Manolio,p730 | doi:10.1038/nrg…
Understanding the contribution of synonymous mutations to human disease.Zuben E. Sauna & Chava Kimchi-Sarfaty,p683 | doi:10.1038/nrg3051 影響の出し方 スプライシング RNAの立体構造 翻訳効率 RSCU(Relative Synonymous Codon Usage)を含む その他 …
Variation in the mutation rate across mammalian genomes.Alan Hodgkinson & Adam Eyre-Walker,p756 | doi:10.1038/nrg3098 変異の入りやすさを、大小スケール別に考える(変異が入る塩基のタイプは、塩基が入る場所の隣の塩基は、少し範囲を広げて、もっと…
Non-coding RNAs in human disease.Manel Esteller,p861 | doi:10.1038/nrg3074 種類 Short ncRNAs miRNAs:19-24bp >1424個以上(ヒト) piRNAs:26-31bp 23,439個 tiRNAs:17-18bp >5,000個 Mid-size ncRNAs snoRNAs:60-300bp >300個 PASRs:22-200bp >10,000個 …
Genetic contributions to behavioural diversity at the gene–environment interface.Andres Bendesky & Cornelia I. Bargmann,p809 | doi:10.1038/nrg3065 行動様式という表現型 行動は外界からの刺激を受けて起きる〜知覚・感覚・受容体に関する遺伝因子…
Experimental and analytical tools for studying the human microbiome.Justin Kuczynski, Christian L. Lauber, William A. Walters, Laura Wegener Parfrey, José C. Clemente, Dirk Gevers & Rob Knight,p47 | doi:10.1038/nrg3129 Microbiomeに次世代シ…
Repetitive DNA and next-generation sequencing: computational challenges and solutions.Todd J. Treangen & Steven L. Salzberg,p36 | doi:10.1038/nrg3117 次世代シークエンサー：ゲノムリードのアラインメント・アセンブリ SV/CNV detection BreakDanc…
Emerging biomedical applications of synthetic biology. Wilfried Weber & Martin Fussenegger,p21 | doi:10.1038/nrg3094 Synthetic biology(合成生物学)の医学応用。合成ゲノム、人工発現制御系、ワクチン、薬の探索、微生物による薬の合成コントロール…
年末恒例のぱらぱら総説を眺めるシリーズ Nature reviews genetics 2012 Janからさかのぼって、2011 Janまで
こちらから 単語がわかっているときにその意味を引く→単語辞書 意味を表す単語が知りたい→逆引き 語学の場合は、 不得意語の文意を取りたいとき(英文和訳)に、不得意語の単語を特異語で説明している辞書(英和辞書)で調べる 得意語でどう言うかがわかっている…
遺伝因マッピング勉強会の大元記事はこちら こちらにまとめられています
こちらの講義を聴いた NCBIの各種データベースをゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム・フェノームに層別化して鳥瞰するものだった 利用上の「感覚」を身につけようというコンセプトだった 入口がEntrez NCBIだけでなく、あるコンセプ…
分割表の部分分割表制約の部分を取り出すと、その制約の具合がパターンになる このパターンから基底を取り出すとマルコフ基底ができる 使用する関数はこちらの記事で Nv<-5 Rs<-sample(2:4,Nv,replace=TRUE) Vs<-1:Nv ns<-Rs # Facesをランダムに作る Nf<-3 …
データがあったときに、そこに何を見るか。この点に関して複数の人の間で共有しようというのが、データの解釈・データマイニング。 それを『統計』と言うことも。 『統計は難しい』と言うとき、２つの難しさがあるのかもしれない。 （１）データがあって、そ…
こちらに、エラーバーの心理とか、箱ひげ図、ダイナマイト・プロットとか。記事のコメント欄も参照。
こちらの整理記事 次元の表がある th()次元のカテゴリ数をとする のセルの総数はである には、複体で表される周辺度数制約がある ここでは(正)単体であり、の頂点はの部分集合である による周辺度数制約とは、が作る、の部分表に相当する周辺度数が与えられ…
Abundant Pleiotropy in Human Complex Diseases and Traits,The American Journal of Human Genetics, Volume 89, Issue 5, 607-618, 11 November 2011 doi:10.1016/j.ajhg.2011.10.004 アプローチとか(こちら)
Algebraic Statistics 2012 @ Penn State Univ.(こちら)
曖昧な情報の利用に関して考えている(こちらでの目撃情報の利用(それはさらに、こちら)や、こちらやこちらでの臨床判断に続く） こちらの記事も参考に 医者は現場でどう考えるか作者: ジェロームグループマン,Jerome Groopman,美沢惠子出版社/メーカー: 石風…
多次元分割表の尺度別カテゴリ数がであるときの、表のセルの総数はである このような表にの行列を次のように与える 個の尺度の集合のべき集合の個の要素ごとに、それらが作る複合カテゴリ個に対応させた、長さのベクトルが算出されている 元の次元分割表の個…
こちらの書き直し 記載方法 表関係 は、次元分割表の各次元のカテゴリ数の集合である 表のセルの総数は 個の尺度の集合をとする 分割表は次元アレイであるが、すべてのセルをベクトルで表すことにし、観測テーブルのベクトル、その期待値のベクトルを、それ…
