分離比解析

S.A.G.E.で分離比解析

S.A.G.E.のsegregを使って分離比解析に初めて挑戦するための解説文書 講義90分で1-2回分相当 アプリケーションはこちら(S.A.G.E) 分離比解析ができる 分厚いマニュアルもあるが、たくさんのことができるので分離比解析に関する章となるとそれほど親切ではな…

S.A.G.E.の分離比解析サンプルデータ

実行条件パラメタデータ family ind father mother sex generation affection risk genetic_risk locus_risk_1 locus_risk_2 locus_risk_3 genotype_1 genotype_2 genotype_3 1 111 97 106 -1 9 1 1003 1003 1001 1 1 0/1 1/1 1/1 1 97 93 96 1 8 0 3 3 1 1 …

分離比解析をS.A.G.E.で

分離比解析に関連して家系データの作り方や家系図描図について書いた(昨日など そこで作った家系データをS.A.G.E.のsegregという分離比解析アプリにつなごうと思う 分離比解析のための基礎知識 分離比解析でやること 家系で0/1のフェノタイプ情報を集める(今…

少し真面目に家系図と家系データ

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 昨日の記事でグラフの成長ルールで家系を作る話を『なんちゃって家系図』として書いた 遺伝リスクやリスクアレルの伝達も含めて、少しきちんと作ってみる 設定 家系データの作り方 家系図を以下の要…

なんちゃって家系図と家系データ

分離比解析をやっている たくさんの家系データを作りたい 結構面倒くさい グラフではなくて家系図的にすれば n.init <- 1 trio <- matrix(0,n.init,5) m <- length(trio[1,]) trio[1,1] <- 1 trio[1:n.init,4] <- sample(c(-1,1),n.init,replace=TRUE) trio[…

分離比解析:S.A.G.E. 遺伝疫学ソフトウェア

論文 どんな解析ができる?(こちら) データのクオリティを含む基本記述統計 アレル頻度とHardy-Weinberg 平衡検定 遺伝率の推定と家族内相関の計算 遺伝形式、浸透率を表す関数を、発症年齢による違いを含めて推定 血縁関係者におけるIBD推定 パラメトリック…