わけあって、J.E. Wigginton, G.R. AbecasisらによるHWE正確検定をJava化する必要が出た。このソースは、著者らにより、C/C++,R,Fortranにて公開されている。 N人、2N本染色体、アレル(A/B)、,,、,、と表すこととすると、 ,と表せる。 また、2N本のアレルの…

パーミュテーションテストに用いるcombining functionsについてはこちらの記事に記載した。 連鎖不平衡マッピングのデータに次の３関数を適用したとき、それぞれの試行で得られる、combining fucntion値の相関をコプロットしてみた。FisherとLiptakLogitとは…

パーミュテーションテストに用いるcombining functionsについてはこちらの記事に記載した。２変数に絞って、視覚的理解を助けるための資料(エクセル、図)を載せる。エクセルはこちら。掲載図のオリジナルはこちら Fisher,LiptakLogit,Tippetteの３関数の相関…

n次空間座標は 今、ある点より、等距離にある点が作る曲面は,ただしと表される この座標は、n個の変数で表されているが、今、と、三角関数を用いて、次のように表すことができる。ただし、三角関数の角として与える変数の個数は、個で、と併せて、個の変数で…

Multiple correlation coefficientの記事はこちらであるが、この記事で （☆）を用いた この関係を式変形で示しておく 前提として、は、と書き表せて、このとき、は、と表したときに、が最小となるようなを最小自乗法で求めた解である。ただし、 式を、最小自…

Partial correlation coefficientの記事はこちら ソースは、昨日の記事に追加

Multiple correlation coefficientの記事はこちら Utilesパッケージ(自分の)に以下の６ソース Calculator InOutUtils InvMat MiscUtil MultRegression TestRun DiscreteMathToolsパッケージ(自分の)以下のソースも呼び出している MatrixExec Utils.TestRunを…

Multiple correlation coefficient 残差の式変形についてのメモはこちら ただし、は従属変数の観測値、は説明変数によって表される個々の期待値、は全サンプルの平均 この式は、のように多説明変数の線形モデルを想定している 分母はtotal sum of squares。…

ちょっとした文書にグラフを描きたいことは多いですが、こんなツールを見つけました(リンク)

グラフがある。それは、次のようにできているとみなせるとする。 １つの閉路がある。これをG0とする。その閉路と１点のみを共有する閉路か、その閉路と２点のみをい共有するパスがある。このG0＋閉路またはパスをG1とする。このG1|G0(G1からG0をのぞいた部分…

Skol AD et al. Joint analysis is more efficient than replication-based analysis for two-stage genome-wide association studies. 2006 Nat Genet 38(2):209-13 リンクはこちら 同論文で実行されている検出力等の計算アプリケーションのダウンロードサ…

関連記事はこちらとこちら 出典はこちら Ｄ’は、２つのＳＮＰが作る４ハプロタイプの頻度のばらつき具合を表す数字で、 １がばらばら、０が均質、です(h1*h4-h2*h3)が０なら、ゼロ、これが大きい方 の極端なら１、です。 multiallelic D'も基本的には、０が…

ある長さ１の線分を、１辺とする直角二等辺三角形のうち、長さ１の線分が直角を構成しているようなものを作図する。次に、その直角二等辺三角形の斜辺(長さは)を１辺とする直角三角形で、その辺に直角を構成する2辺のうちの１つとし、もうひとつの直角構成辺…

JSTによる遺伝統計関係のアプリケーションリンクサイトこちら

The nuetral theory and molecular evolution 中立仮説が成り立つとき、Homozygosity = , . は有効集団サイズ、は変異率 Estimating rates of molecular sequence divergence Sequence divergence: 長さnの２配列があり、そのうちm箇所が異なり、n-m箇所が同…

系統樹において、１つの種が２つ(またはそれ以上)の種に分かれること。 それに関する。DNA配列ベースでの比較ゲノム学的な内容については、以下の文献を参照 Science 11 April 2003:Vol. 300. no. 5617, pp. 267 - 268 EVOLUTION: Chromosomal Speciation in…

前項のnucleotide polymorphismではDNA配列集団に存在する多型の分布を見たが、nucleotide diversityでは、集団を構成するDNA分子同士の異同箇所を問題にする。 全ペアにつき、異なる塩基箇所を数え、その和を、全ペア数ｘDNA配列長にて除す。その分散も、ソ…

ある集団で、n本の染色体の長さkの配列を観測したところ、m箇所に多型性が認められた。 今、 Principles of Population Genetics 作者: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark 出版社/メーカー: Sinauer Associates Inc 発売日: 1997/10 メディア: ハードカバー …