MCMC
User’s Guide and Reference Manual』 Stan_Modeling_Language_User's_Guide_and_Reference_Manual Part I イントロ 1. 概要 PartII Stan 言語 Stanを実行するためにhoge.stanをどうやって書くかに関するパート 2. データタイプと変数 パラメタを推定するた…
What is new? This approach requires computers, that was not available in 20th century; that is why MCMC is being used for tasks that could not be solved by the methods before and also MCMC is being used for tasks that have been answered by…
Statistical Bioinformatics: For Biomedical and Life Science Researchers(の目次) Quality Control of High-Throughput Data Statistical Tests, Statistical Significance, Error Controlling Classification/Clustering Unsupervised Learning Supervis…
Statistical Bioinformatics: For Biomedical and Life Science Researchers(の目次) Challenge 1 Multiple-Comparison Issue Challenge 2 High-Dimensional Biological Data Challenge 3 Small-n and Large-p Problem Challenge 4 Noisy High-Throughput Bi…
対象(医科学修士院生１回生) 資料 Statistical Bioinformatics: For Biomedical and Life Science Researchers(の目次) Beyond the hype: Big data concepts, methods, and analytics Big Data Analysis Using Modern Statistical and Machine Learning Meth…
ここ数日のR+opeBUGSの使用歴を散逸しないようにepub化 以下はRmdファイルです。こちらなどを参考にすれば、自由にhtml文書化・epub化できます(が、それが面倒な場合には、kindleで) 近くこちらから 使ってみよう?BUGS(乱数を使ってベイズ推定)?R+openBUGS作…
昨日は混合比の推定も含めた、混合分布推定をBUGSでやった(こちら) ある一次元データが得られたとき、その個々の観測を中心としたカーネル関数の混合分布として背景の分布を推定することがある カーネル関数として正規分布を取ることも多く、そのときに問題…
ここ数日の記事はBUGS 混合分布をやってみる(参考はこちら) Mixture distribution model 今、全部でN人がエントリーしている100m走大会があるとする N runnners registered for a 100m race このうち、pi[1]の割合で招待選手(群 g=1)、pi[2]の割合で一般参加…
このマニュアルの57ページからに対応しています ベルヌーイ分布 ## winBUGS r ~ dbern(p)#### R N <- 1000 p <- 0.3 R <- sample(0:1,N,replace=TRUE,prob=c(1-p,p)) hist(R) 二項分布 ## winBUGS r ~ dbin(p,n)#### R n <- 100 R <- rbinom(N,n,p) hist(R) …
昨日の記事でR+openBUGSのことを書いた winBUGS ~ openBUGSでの分布関数を使ってモデル指定しないといけない 分布関数には形状パラメタとか尺度パラメタとかがあるけれど、場合によって、使い方が違ったりするので、BUGSのモデル設定のパラメタがどういう指…
Stanについてはこちらに紹介記事があり、環境整備に関しては、こちらを参考にして、以下のようにやればよいようです(Windowsの場合) 基本的には Rがあって Rtoolsを入れて、Rcppパッケージが動くようにして、inlineでのRcppによるRのC++化を可能にし rstanを…
Bayesian inference using Gibbs sampling:BUGS は、ベイズ推定を計算機統計学的にやってしまいましょうという手法(Wiki記事) 計算機統計学的に…という部分は、「難しい関数記述(の省略できるところ)省略して、MCMC/Gibbs samplingで代用する」という風に読…
作業は統計環境『Ｒ』を用いるものとする。ガンマ分布や、Dirichlet分布からの乱数発生関数 rdirichlet (MCMCpack)を用いる(その使い方についてはこちら) サイコロ 今、サイコロの「できのよさ」を調べながら、そのサイコロで博打をうつことを想定する サイ…
マルコフ連鎖を用いて、世代を順次進めていくときに、次世代のパラメタの値を得るためには、次世代のパラメタ値をある分布(関数)(サンプラと呼ぶ)から作り出し、その作られた値を次世代のパラメタの値として妥当かどうかを判断する、という手続きを踏むと未…
Zollner et al(2005)の例 推定過程は着目点をはさんで左右両側で行う 変数 Neutral coalecent and recombination モデルを規定する変数 組換え率 変異率 これら２つの率はARG構築過程で不明な変数である ある位置におけるARGは2分岐木である(親ハプロタイプ…
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