次元削減の１手法のtSNE 高次元の標本間の遠近情報を ある点を中心として別の点が観察される確率として評価する その確率を、観測標本全体で重み付き標準化する さらに、その標準化確率行列が非対称なので対称化する 低次元に埋め込むとき 全く同様に低次元…

二次元平面上に標本があり、それらの間に階層的クラスタリング構造が得られたとする 二次元平面上に標本を配置しつつ、その平面から立ち上がるようにデンドログラムを描きたいかもしれない library(FactoMineR) # Compute PCA with ncp = 3 res.pca <- PCA(U…

球面に場があったとする それを球面調和関数で分解する 球面調和関数は直交基底関数なので、個々の関数が場を説明する成分を積分して計算してもよいが、SPHARMというツール(こちら)では、一般化逆行列を使っている(この論文のメソッドセクション) どういうこ…

帰無仮説から3ジェノタイプカウントを生成して、カイ二乗値をランダム生成して、カイ二乗分布との一致を確認してみる gist.github.com