駆け足で読むシリーズ
記事 ぱらぱらとめくるには、Haskellの理解が浅すぎて無理なので、がんばって読む(が時間は掛けられない) 読みながら気になったこと、調べたこと、等をメモしていく 確率変数を扱いたい。確率変数はいろいろな値をとる変数なので、有限・無限集合。これをリ…
今年も残すところわずかとなりました レビュー誌で振り返ってみます。まずは概観 まず12月号 Unravelling the genomic targets of small molecules using high-throughput sequencing Deep-Sequencingによって、DNA・染色体の化学修飾状態( ChIP–seq (chroma…
何がこの本の動機か、と言えば、以下の質問に答えること 原因の集合と科学的証拠の集合との関係はいかなるものか。ただし、通常、原因は観察することができず、科学的証拠は観察できるものである。 １つまたは複数の判断すべき命題があったときに、それに関…
Bayesian Networks and Probabilistic Inference in Forensic Science (Statistics in Practice)作者: Franco Taroni,Colin Aitken,Paolo Garbolino,Alex Biedermann出版社/メーカー: Wiley発売日: 2006/04/07メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを…
DHS(DNaseI Hypersensitivity Sites)(クロマチン構造が緩んでいるところ)が205,109箇所(セルライン平均)ある(FDR1% でポジティブ扱い)。ゲノムの１％くらい…(FDRで１％なのとこの１％なのとはたまたま？？) ヒストンメチル化のパターンはTF結合部位に関して…
サイト(01) 転写因子結合部位モチーフ(配列のパターン) 実験設定 DNA-binding proteins 119個 72 cell typesとそれらが持つ多数のRNA polymerase構成因子 ChIP-seq 結果概要 87/119個のDNA-binding proteingsが配列特異的転写因子(TFSS:Transcription Factor…
ENCODE explorerでは多数の解析・論文をThreadsと呼ぶものでトピック別に再編しなおしている 複数の論文が転写因子について書いていて、個々の論文では転写因子に関する記載が論文の中の一部である、というようになっている これだと、「転写因子」について…
ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements) プロジェクトの略 National Human Genome Research Instituteが資金提供するプロジェクトで、ヒトゲノム全領域の転写、転写因子の関連、クロマチン構造とヒストン修飾についてのリスト化を目指す それらの同定とア…
ENCODE(The Encyclopedia of DNA Elements) projectをウェブでサーフするサイトが"nature ENCODE explorer"(こちら) 上から読み降ろして行く文章形式ではないので『駆け足で読む』のには少し面倒くさい点もあるのだが、解析の種類も豊富だし、図表もきれいな…
適応・選択・淘汰 polygenic=multilocus 正規分布、平均と分散 ANOVA Fisher,Wright 育種、進化、人類遺伝学の融合 mediocrity(平凡、月並み)への回帰 atavism(先祖返り) 純系、交雑とフェノタイプのばらつき 表現型分散の分解 mutation,random genetic drif…
Traits and their types Meristic characters Metric characters Binary characters Number of variables Univariate distribution Bivariate distribution (Paired) Multivariate distribution Marginal distribution of tables Univariate probability dis…
歴史 育種としての量的形質の遺伝学 動物学と植物学との垣根 理論部分と実践的・経験的部分 最近の発展、３点 進化生物学での活用 動物の育種における利用(人工授精化) ヒト遺伝因子解析QTL
Genetics and Analysis of Quantitative Traits作者: Michael Lynch,Bruce Walsh出版社/メーカー: Sinauer発売日: 1998/01/19メディア: ハードカバーこの商品を含むブログを見る こちらが本の「元サイト」 来月から始まるこちらの勉強会。勉強開始に先立ち、…
リスク・リテラシーが身につく統計的思考法―初歩からベイズ推定まで (ハヤカワ文庫 NF 363 〈数理を愉しむ〉シリーズ) (ハヤカワ文庫NF―数理を愉しむシリーズ)作者: ゲルト・ギーゲレンツァー,吉田利子出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2010/02/10メディア:…
運は数学にまかせなさい――確率・統計に学ぶ処世術 ((ハヤカワ文庫NF―数理を愉しむシリーズ))作者: ジェフリー S.ローゼンタール,中村義作,柴田裕之出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2010/07/10メディア: 文庫購入: 16人 クリック: 59回この商品を含むブログ…
曖昧な情報の利用に関して考えている(こちらでの目撃情報の利用(それはさらに、こちら)や、こちらやこちらでの臨床判断に続く） こちらの記事も参考に 医者は現場でどう考えるか作者: ジェロームグループマン,Jerome Groopman,美沢惠子出版社/メーカー: 石風…
目次はこちら 放物線などが出てくる これと重なる・つながる
目次はこちら こちらでマルコフ基底の話が出た ここでは、Hierarchical modelsでのマルコフ基底について 複体(Simplicial complex)(こちら) 複体が登場するのは、因子の関係を任意に行いつつ、因子間関係が独立な場合に、確率の積で取り扱うために便利だから…
目次はこちら こちらでm次元分割表の正確確率検定の話、そして、そのp値計算のために、与えられた周辺度数を満足するテーブルの集合があった そして、その集合を動き回るための基底としてのマルコフ基底が登場した ここで、「テーブル集合」はマルコフ基底に…
目次はこちら こちらやこちらも参考 独立な分割表の確率行列のランクは１ Nr<-sample(2:10,1) Nc<-sample(2:10,1) library(MCMCpack) Pr<-rdirichlet(1,rep(1,Nr)) Pc<-rdirichlet(1,rep(1,Nc)) Pmat<-t(Pr) %*% Pc Pmat qr(Pmat)$rank m次元分割表の正確確…
Lectures on Algebraic Statistics (Oberwolfach Seminars)作者: Mathias Drton,Bernd Sturmfels,Seth Sullivant出版社/メーカー: Birkhauser Basel発売日: 2008/12/10メディア: ペーパーバック クリック: 18回この商品を含むブログ (2件) を見る 駆け足で読…
血液・免疫系(主要クラス数>30) Megakaryocyte(2種、megakaryocyte, 血小板) 赤血球(1種) 幹細胞(前駆細胞)(いろいろ,造血幹細胞) リンパ球(>10)(B,T,NK...) 単球・マクロファージ(>6) 樹状細胞(>4) (血中)顆粒球(3,好中球、好酸球、好塩基球) マスト細胞 線…
Human Molecular Genetics作者: Tom Strachan,Andrew Read出版社/メーカー: Garland Science発売日: 2010/04/22メディア: ペーパーバック クリック: 6回この商品を含むブログ (2件) を見る 見開きに"Quick Reference"がある それを「ざっと」読むと、「生物…
Saccharomyces cerevisiae 線虫 ショウジョウバエ zebrafish マウス
cat cow,sheep,pig dog mouse rat chimpanzee marmoset rhesus macaque
zebrafish medaka xenopus chick mouse rat
線虫 ショウジョウバエ
E.coli Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Chlamydomonas reinhardtii Dictyostelium discoideum Tetrahymena thermophila
酵母 線虫 ショウジョウバエ zebrafish, メダカ マウス
Nonhuman primates Other mammals Other vertegrates Invertebrates
