SNP,CNPによらず、ジェノタイプ一般のこと 質的形質・量的形質によらず、形質一般のこと すべての場合に通じること ジェノタイプとフェノタイプとの間の関連・相関を調べる ジェノタイプは、カテゴリカルデータである ジェノタイプカテゴリに順序を考慮しな…

この記事はこちらの記事の続き。 今、コピー数アレルがある。 ディプロタイプが確定できるとき、ジェノタイプは。ディプロタイプが確定できず、保有コピー数が確定できるとき、ジェノタイプは。ケース・コントロールの２群で、このジェノタイプ分布に差があ…

CNV多型についての論文メモと、CNV多型のケースコントロール関連検定についての現状をまとめた(記事はこちら)。 おおまかに言って、６、７年前のSNP２ｘ３分割表検定の頃と同じ事情のようだ。 とりあえず、ケースコントロールデータを発表するにあたり、ひと…

関連記載はこちらの『バイオインフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(2007)』

２ｘ３のSNPジェノタイプ分割表を観測し、そこから、アレルについての２ｘ２分割表を作成し、その２ｘ２分割表についてケース・コントロールの独立性検定をするということはどういうことか。 ２ｘ２の分割表の周辺度数を満足する場合をすべて考慮するという…

２ｘ３分割表が得られたとする。 XXXxxx合算 ケースabcg コントロールdefh 合計ijkn 検定方法として漸近近似による方法として次のようなものがある。 カイ自乗検定では、 ２ｘ３分割表についてのそれ() アレルについて２x２分割表を作り直して Xx合算 ケース…

エクセルはこちら。 添付のエクセルのB1セルには、カテゴリ数を入れる。 第３行がケースのカウント数、第４行がコントロールのカウント数。 第７行には、それぞれのカテゴリに与える重さを入れる。 たとえば、３段階の場合に、今、０，１、２が与えてある。 …